روابط سازمان با اردن در ابتدای دهه 90 میلادی رو به بهبودی فزون تر نهاد. صرف نظر از صمیمیت و رفاقت صدام حسین با ملک حسین و کینه پادشاه اردن نسبت به نظام اسلامی به خاطر فروپاشی رژیم محمدرضا پهلوی و انقراض سلطنت در ایران و با در نظر گرفتن نزدیکی حسین بن طلال با پهلوی دوم، و از سویی کمک های بی دریغ نفتی رژیم بعث عراق به اردن، خاندان سلطنتی هاشمی ناگزیر به ابراز محبت به رجوی و جماعتش بود.
از سویی « به دنبال جنگ کویت و بسته شدن راه های زمینی ترکیه و همچنین ممنوعیت پرواز هواپیماهای عراقی، فرودگاه اردن پل ارتباطی فرقه رجوی با کشورهای اروپایی و آمریکایی شد. به همین دلیل رابطه ای بسیار خوبی بین مسئولان فرقه رجوی و دستگاه اطلاعات اردن شکل گرفت. تردد آزاد مسئولان پایین ستاد سیاسی فرقه و حتی افراد اجرایی آنها در قسمت های مختلف فرودگاه، بدون چک و بازرسی، خود نشان دهنده ی عمق رابطه طرفین بود.
تایید این سخن را می توان در گفتگوهای پنهان رهبری فرقه (مسعود رجوی) با فرماندهان اطلاعاتی حزب بعث عراق به خوبی مشاهده کرد در جایی که ژنرال صابرالدوری مدیر اداره کل اطلاعات و ضد اطلاعات نظامی حزب بعث عراق از رجوی رهبر فرقه و چگونگی ارتباطشان با سعودی ها سوال می کند.
صابر الدوری: یک سری پرسش دارم که چنانکه برادر مسعود رخصت دهد می خواهم بدانم پاسخی دارد یا خیر؟ آیا روابط تان با سعودی ها همچنان پا برجاست؟
رجوی: بله، صرف از نظر ماه اوت به بعد، می دانید که یکی از مسئولان ایرانی هم اکنون آنجاست و می خواهیم مناسک حج خاتمه پذیرد و خاطرشان آسوده شود و مسائل حج و حجاج ایرانی به پایان برسد تا مجددا شروع کنیم. همچنین روابط ما با اردن پابرجاست و بسیار خوب است. هم با ولیعهد و هم با ملک حسین، اما دیگر اعراب ما را بایکوت کرده اند و ما می گوییم چنانچه همین عراق را داشته باشیم برای ما کافی است. (خنده رجوی)
در یکی دیگر از دیدارهای دستگاه امنیتی حزب بعث با فرقه رجوی برای ارتباط گیری این فرقه با آمریکا پیشنهاد می شود تا از طریق کشور اردن و شخص ملک حسین این واسطه تقویت شود. در این دیدار عباس داوری از مسئولان رده بالای فرقه از دستگاه امنیتی درخواست ارتباط مجاهدین با آمریکا را دارد و پاسخ دستگاه امنیتی حزب بعث چنین است:
اطلاعات حزب بعث: از نظر اصولی چون رابطه ما با آمریکا رابطه جوانی است، احساس می کنیم این موضوع از جانب ما مطرح نشود. آنها چندان از شما رضایتی ندارند و از شما تصویری همچون کمونیست ها دارند و نمی شود در خصوص شما با آنها مستقیما صحبت کرد، بلکه غیر مستقیم، با اردن و امیر عبدالله رابطه خوبی برقرار کنید و نتیجه خوبی به دست خواهید آورد.
عباس داوری: در گذشته ملاقاتی که با آمریکایی ها داشتیم گفتند خودتان را جدی بگیرید. آنها گفتند بعضی از جناح ها نسبت به شما حالت بی تفاوتی دارند و ضد شما نیستند و بعضی شما را اجبارا قبول می کنند اما نمایندگانی مانند مورفی هم ضد شما هستند. همانطور که شما گفتید ما از طریق دوستان اردنی خود با آنها ارتباط خواهیم گرفت در ضمن به عرض تان برسانم که ملک حسین برای مراسم ازدواج برادر مسعود و مریم شخصاً یک دسته گل بسیار زیبا فرستاده بود.
محمد رزاقی یکی از اعضای جداشده از فرقه رجوی در خاطراتش می گوید: از آنجایی که اردن هم مرز عراق است و رابطه خوبی هم مابین نمایندگان اردنی و صدام وجود داشت رجوی و فرماندهان فرقه اش از اردن به عنوان سرپل اصلی استفاده می کردند و در انجا ساختمان خریده بودند، به علاوه با خرید سهام در شرکتهای تجاری اردن سرمایه گذاری کرده اند در ضمن تمام اقلامی که از اروپا به عراق وارد می کردند از طریق اردن بود.
لازم به یادآوری است که مریم قجر عضدانلو در دهه هفتاد ملاقاتی پنهانی با ملک حسین پادشاه اردن داشت که پس از مرگ وی این اخبار انتشار یافت.
اعتراف به زد و بندهای پنهانی مسعود و مریم رجوی با حاکمان عربی، یکبار دیگر حقانیت افشاگری جداشدگان مبنی بر همسویی و ساپورت مالی رجوی از سوی صدام حسین، ملک حسین و ملک عبدالله را به اثبات می رساند. همراهی و همسویی فرقه مجاهدین با سیاست های ضدایرانی و ضدبشری حاکمان عربی منطقه، بیانگر طینت ضدبشری کسانی است که طی سی پنج سال گذشته سیاست ترور و ارعاب را پیشه خود ساخته و برای رسیدن به قدرت از هیچ جنایتی فروگذار نبوده اند و در این راستا با تمامی دشمنان ایران و ایرانی همپیمان شده اند.