تیم‌های عملیاتی فرقه که از عراق به ایران اعزام می‌شدند، از حدود 6 تا 10 ماه قبل از اعزام به داخل کشور، آموزش‌های مختلف نظامی و ایدئولوژیکی می‌دیدند. از آنجا که این مأموریت‌ها بکلی سری بود، محل این آموزش‌ها نیز از دید دیگر نیروهای تشکیلات مخفی نگاه داشته می‌شد. دلیل غیبت این نیروها از یگان‌هاشان را، مسئولین فرقه اعزام ایشان به محل ماموریتی خارج از محیط آن یگان اعلام می‌کردند. هر تیم از این اکیپ‌های عملیاتی، دستور ترور یکی از شخصیت های مهم نظام را داشتند. در واقع در دوران آموزش نظامی چریک شهری، تیم‌ها و نفرات روی «سوژه» ویژه‌ای کوک می‌شدند. تیم‌های فرقه باید در همان محل اقامت «سوژه» ابتدا امکانات لازم را برای انجام ماموریت و ترور «سوژه» تهیه می‌کردند. این امکانات عبارت بودند از: اتومبیل، محل اقامت، موتور سیکلت و سلاح لازم برای انجام عملیات تروریستی. به هر تیم تروریستی مبلغ یکصد هزاردلار پول نقد داده می شد. در ضمن نیروها باید برای عقب نشینی از ایران به کشور عراق هم تدارکاتی را پیش بینی می‌کردند.
ارتباط این نیروها با فرماندهانشان از لحظه ورود به مرز قطع می‌شد و تیم‌ها می‌باید از آن تاریخ به بعد مسائل خودشان را شخصا و در درون کشور حل و فصل می کردند.
خط فرقه این بود که تا قبل از انتخابات ریاست جمهوری در بهار 1380 غلظت عملیات را در شهرها به بالاترین میزان ممکن افزایش بدهد.
ترور شهید اسدالله لاجوردی در تاریخ اول شهریور 77 و ترور شهید صیاد شیرازی در اردیبهشت 78 توسط این تیم‌ها و در راستای همین خط جدید فرقه انجام گرفت.
از زمستان 1378 تا زمستان 1380 سازمان نزدیک به ده فقره عملیات خمپاره زنی در تهران انجام داد. از آن جا که خمپاره، سلاح دقیقی نیست و اساساً این سلاح نیمه سنگین ویژه فضای باز و بر علیه سنگر ساخته شده است، استفاده از آن در محیط شلوغ شهری، نشان دهنده یک عمل کور تروریستی بر علیه شهروندان بیگناه است. نتیجه هم نشان داد که قربانیان و شهدای این ترورها و خمپاره اندازی‌های بی هدف، شهروندان بیگناه و افراد غیرنظامی بودند.
برخلاف پیش بینی‌های پیامبرگونه رهبری فرقه یعنی مسعود رجوی جنایتکار و فراری، این گونه خمپاره اندازی‌ها نه تنها نتوانست عنصر اجتماعی را به میدان بیاورد ؛ بلکه با هدف گیری کور، وسیله‌ای برای نفرت بیشتر هموطنانمان از این فرقه تروریستی شد.
با این شیوه، در واقع فرقه رجوی، دو باره جنگ منظم ارتش باصطلاح آزادیبخش را دور زد و بار دیگر به فاز پیشین و دوران چریک شهری بازگشت.
در پاسخ به این روند خمپاره اندازی‌ها فرقه رجوی، در 29 فروردین 1381 دولت ایران نیز نزدیک به 77 موشک به قرارگاه‌های این فرقه در خاک عراق شلیک کرد. دولت عراق که دستپاچه شده بود، این بار نیز از اعزام تیم‌های عملیاتی چریک شهری به داخل خاک میهن جلوگیری کرد و این خط هم سوخت.
در آخرین سازماندهی فرقه گفته شده بود که بالاترین ارگان باصطلاح ارتش «نیرو» نام دارد. از سال 1380 مسعود رجوی خائن و فراری به جای واژه «نیرو» از واژه «ارتش» استفاده کرد. و این«باصطلاح ارتش‌ها» هرکدام در قرارگاه‌های مختلف فرقه در عراق مستقر شده‌اند. هر کدام مستقل و هریک شامل رسته‌های رزمی نظیر تانک و توپ و واحد مهندسی و پشتیبانی بودند.
سازماندهی ارتش باصطلاح آزادیبخش در (بهمن ماه ۱۳۸۱):
هر دسته شامل 6 تا 8 نفر بود که به همراه فرمانده دسته، دست بالا 25 نفر تخمین زده می‌شد.
با این حساب هر گردان نیرویی 25 نفر و هر به اصطلاح ارتش حدود 200 نفر عضو داشت. کل ارتش اسارت بخش فرقه با یک حساب ساده از 2800 نفر تجاوز نمی‌کرد.
در جدول زیر ارتش اسارت بخش فرقه با نام فرماندهان و محل استقرارشان آورده شده است:
تعدادی از قرارگاه های فرقه در عراق به شرح زیر بود:
1- قرارگاه عنکبوتی اشرف
محل این قرارگاه حدود 40 کیلومتری شهر خالص و در 150 کیلومتری شمال بغداد بر سر راه جاده کرکوک-بغداد بود.
این قرارگاه بزرگ‌ترین قرارگاه فرقه بود و در آن ساختمان‌ها و تأسیسات زیادی ساخته شده بود. چهار ارتش به اصطلاح یکم، دوازدهم، سیزدهم و چهاردهم در این قرارگاه مستقر بودند. بخش پذیرش نیرویی به اصطلاح ارتش فرقه نیز در این قرارگاه قرار داشت.
مأموریت قرارگاه اشرف آموزشی، پشتیبانی و عملیاتی بود. این قرارگاه عنکبوتی پس از درگیرهای 10 شهریور 92 برای همیشه تعطیل و به زباله دان تاریخ پیوست.
2- قرارگاه جلولا
این قرارگاه در 20 کیلومتری شرق شهر جلولا قرار داشت.
در این قرارگاه ارتش‌های دوم و نهم مستقر بوند. به همین جهت این قرارگاه، یک مرکز عملیاتی بود.
3- قرارگاه بدیع
این قرارگاه در 30 کیلومتری غرب بغداد قرار داشت. در این قرارگاه بخش پشتیبانی به اصطلاح ارتش نظیر سررشته داری و لجستیکی مستقر بود و به تهیه و تدارک لباس، پوشاک، مواد غذایی و دارو برای کل ارتش باصطلاح آزادیبخش فرقه می‌پرداخت. ضمناً فرقه رجوی تبلیغات (رادیو و تلویزیون سیمای باصطلاح آزادی) با آنتن بشقابی بزرگ خود (ماهواره) را در این قرارگاه مستقر کرده بود. بزرگ‌ترین بیمارستان نظامی فرقه هم [در مقیاس صحرایی] در این قرارگاه ساخته شد.
4- قرارگاه باقرزاده
این قرارگاه نیز در اطراف شهر بغداد (20 کیلومتری غرب قرارگاه بدیع) قرار داشت.
قرارگاه باقرزاده برای برگزاری نشست‌ها و مراسم بزرگ نظیر نوروز و غیره درنظر گرفته شده بود.
نام این قرارگاه در نشریات فرقه اکثراً به عنوان محل برگزاری نشست‌ها اعلام می‌شد.
5- قرارگاه علوی
این قرارگاه در 60 کیلومتری شمال قرارگاه اشرف واقع بود.
ارتش‌های باصطلاح سوم و یازدهم هم در این قرارگاه مستقر بودند.
6- قرارگاه مرکزی (پارسیان)
محل این قرارگاه در حدود 60 کیلومتری غرب بغداد بود. همه مسئولین 17 سازمان سیاسی فرقه و فرماندهان باصطلاح 14 گانه ارتش در این قرارگاه مستقر بودند. مسعود و مریم رجوی نیز بیشتر اوقات به این قرارگاه رفت وآمد می‌کردند.
7- قرارگاه همایون
این قرارگاه در حوالی شهر العماره واقع در جنوب شرقی کشور عراق بود.
ارتش‌های به اصطلاح چهارم و دهم هم در این قرارگاه مستقر بودند.
8- قرارگاه موزرمی
این قرارگاه در حوالی شهر العماره و ارتش‌های باصطلاح پنجم و ششم در این قرارگاه مستقر بودند.
9- قرارگاه حبیب
محل این قرارگاه در حوالی شهر بصره واقع در جنوب کشور عراق بود و ارتش به اصطلاح هفتم در این قرارگاه مستقر بود.
10- قرارگاه دفتر مرکزی
این قرارگاه در شهر بغداد و در یک ساختمان هشت طبقه واقع بود. تالار بهارستان که جلسات شورای باصطلاح ملی مقاومت در آن برگزار می‌شد، در این ساختمان بود.
خلع سلاح یکی از نقاط مهم و کیفی تاریخ فرقه بعثی رجوی محسوب می شود، رجوی سلاح را ناموس مجاهدین می خواند، تفنگ با ایدئولوژی فرقه عجین شده بود، نداشتن و نبودن سلاح، به مثابه نفی تدریجی استراتژی جنگ مسلحانه بود.
آمریکا بعد از ساقط کردن صدام به سراغ حامیان مسلح او رفت تا آنها را خلع سلاح نماید، رجوی با حمایت های صدام مبادرت به تشکیل به اصطلاح ارتشی کرده بود که آمریکایی ها مسلح بودن آن را نمی توانستند تحمل کنند. از این رو خلع سلاح نیروهای فرقه رجوی الزامی بود.
در تاریخ 21/2/82 گروه تروریستی رجوی که با تانک های آمریکایی ها محاصره شده بود مجبور شد سلاح هایش را تحویل داده و از دستورات آمریکا اطاعت کند.
مسئولین فرقه که در نزدیکی بعقوبه فعالیت می کردند پس از دو روز مذاکره با فرماندهان آمریکایی این توافق را قبول کردند. تسلیم شدن آنها هم توسط فرماندهی یگان های ارتش آمریکا گزارش شد.
بنا به گزارش فرماندهی نظامیان امریکایی، در جریان خلع سلاح فرقه رجوی (اردیبهشت 1382)، نیروهای آمریکا 2 هزار و 139 دستگاه تانک، نفربر، زره پوش، توپ و ماشین آلات نظامی از این گروه تروریستی تحویل گرفتند. در گزارش لشگر 4 پیاده نظام آمده است که آنان اکثر مهمات و سلاح‌های فرقه رجوی را نابود کرده‌اند.
یکی از اعضای جداشده و عضو ارتش اسارت بخش فرقه رجوی و شاهد عینی خلع سلاح گفته است: نیروهای آمریکایی برای ورودشان به منطقه شمال عراق ما را در محاصره قرار دادند، که بلافاصله بدون شلیک یک گلوله با اعزام چند نفر از فرماندهان فرقه بنام های حسین ابریشمچی (کاظم)، علی اکبر انباز (یوسف) و جواد خراسان نزد افسران امریکایی، دست به دامان آنها شده و خود را تسلیم نمودند و پس از ساعاتی مذاکره مقدمات مذاکرات اصلی و کتابت متن شرایط تسلیم را فراهم کردند. از طرف فرماندهی لشگر امریکایی مستقر در شمال عراق دستور جمع آوری کلیه نیروهای فرقه با تمام ساز و برگ نظامی، سلاح، توپ و تانک هایشان صادر شد و قرار شد همه در محلی بنام فیلق (سپاه) دوم واقع در چند کیلومتری منصوریه متمرکز شوند که در روز 21 اردیبهشت 82 تمام تجهیزات و ساز و برگ نظامی فرقه رجوی در زمین وسیعی آرایش داده شد و طی مراسمی به افسران امریکایی تسلیم شدند.
مسعود رجوی رهبر تشکیلات تروریستی فرقه در این پروسه نیز با نزدیک شدن به امریکایی ها و اروپایی ها سعی نمود به انان خدمت نماید و این بار چون فرقه خلع سلاح شده بود اقدام به فروش اطلاعات در زمینه برنامه هسته ای ایران نمود و سعی کرد از این طریق خوش خدمتی خود را به اربابان امریکایی ثابت نماید.
فرقه رجوی که در شروع مبارزه سد اصلی راه تکامل را امپریالیزم جهانی به سرکردگی امپریالیزم امریکا می‌شناخت در آن زمان به هر ریسمانی چنگ میزد تا تحت الحمایه نیروهای امریکایی در عراق باقی بماند.
بعد از تحویل سلاح رجوی با آن حقه بازی های خودش که می دانست چگونه نفرات فرقه را فریب بدهد گفت: سلاح ها را بدهید چون من صاحب سلاح را می خواهم نه سلاح را، سلاح زیاد است اما صاحب آن نه.
بعد از تحویل سلاح ها به امریکاییها افراد زیادی از فرقه رجوی فرار کردند چون می دانستند فرقه رجوی به ته خط رسیده است فرقه رجوی در این مقطع فورا برای اینکه دیگران در جریان فرار قرار نگیرند نفرات را سازماندهی کردند و به قرارگاه ها و مراکز دیگر می فرستادند تا کسی نفهمد که چه کسانی از فرقه رجوی فرار کرده اند حتی رفتن به سایر مراکز هم ممنوع شده بود.
پس از آن با سپردن حفاظت قرارگاه اشرف از نیروهای امریکایی به نیروهای ارتش عراق سازمان تلاش زیادی کرد تا این انتقال صورت نگیرد ولی بالاخره حفاظت به ارتش عراق منتقل گردید. مریم رجوی هم قبل از حمله آمریکا به عراق به صورت مخفیانه همراه با تعدادی از سران فرقه از عراق خارج شده و خود را به فرانسه رساندند و این در حالی است که تا بعد از دستگیری مریم رجوی در فرانسه به جرم پولشویی کسی نمی دانست که او به فرانسه فرار کرده است .
نیروهای فرقه مستقر در عراق و خلع سلاح شده، توسط (F.B.I) بازجوئی و انگشت‌نگاری شده و نهایتاً به عنوان افراد تحت حفاظت به رسمیت شناخته‌شدند.
رجوی رهبر فرقه در رویای کسب قدرت به هر بها، سال‌ها به چاله صدام دشمن مردم ایران فروافتاد، و امروزه دست به دامان محافظه‌کارترین جناح‌های آمریکا و صیهونیست و حاکمان عربی شده و همسو با ایشان گاه عامل اجرای سیاست‌های آنها در منطقه شده‌است.
دولت عراق از ابتدا به علت جنایات این فرقه در عراق خواستار اخراج انان از عراق بوده و می باشد ولی به دلیل حمایت امریکا از این فرقه تاکنون این کار خیلی کند صورت گرفته است، در سالهای اخیر فرقه رجوی که راهی جز خروج اجباری از اشرف را نداشت به ناچار این پایگاه مهم را نیز از دست داد و دسته دسته از نیروها وارد مقر جدید خود در کمپ ترانزیت لیبرتی در حومه بغداد شدند. عده ای با فشار دولت عراق به کشورهایی از قبیل آلبانی –آلمان و امریکا تبعید شدند و عده ای دیگر هم منتظر سرنوشت شوم خود هستند که به دست رجوی رقم می خورد.
رجوی بعد از پاره شدن طناب صدام و سرنگونی رژیم حزب بعث او این بار با آویزان شدن به طناب نیروهای اشغالگر آمریکائی، درصدد خریدن زمان برای خودش بود تا شاید توسط نیروهای امریکایی بر علیه جمهوری اسلامی بکار گرفته شود و به این شکل تشکیلات خود را در عراق حفظ نماید زیرا خوب می داند در صورت اخراج کامل این فرقه از عراق دچار ریزش نیروی شدید گردیده و در صورت قرارگرفتن نیروهایش در دنیای ازاد دیگر کسی حاضر به ماندن در آن فرقه نمی باشد چیزی که به عینه در آلبانی مشاهده می کنیم، جایی که اعضای فرقه با جواد خراسان از فرماندهان و شکنجه گران این گروه ترویستی درگیر شده اند.
رجوی طی این مدت ضمن محبوس کردن نفرات خود و قطع ارتباط آنها با دنیای خارج سعی می کند به هر شکل حفظ نیرو نماید و با بیگاری کشیدن های سخت و سرگرم کردن آنها از طرق مختلف سعی بر این دارد تا فرصت فکر کردن را از آنها گرفته و مانع انتخاب آنان برای یک زندگی عادی می باشد.
و این بود پایانی بر یک پایان