قبرستان اشرف
با وجود جنایت‌های بسیار سازمان مجاهدین خلق علیه مردم ایران، احتمالا اصلی‌ترین قربانیان این سازمان اعضایش هستند. شواهد عینی متعددی وجود دارد مبنی بر این که مجاهدین اعضای ناراضی خود را حبس، شکنجه و ناپدید کرده اند.
اعضای جداشده سازمان بیان می‌کنند که در آلبانی نیز همانند پادگان اشرف به تعداد کافی زندان تعبیه گردید تا سازمان برای حبس انفرادی و شکنجه‌های روحی و روانی اعضای ناراضی هیچ محدودیتی نداشته باشد.
قتل یا در اصطلاح تشکیلاتی حذف فیزیکی موضوعی بسیار روتین در تشکیلات مجاهدین خلق است که از سال‌های فعالیت در ایران نیز همراه این گروه بوده و یکی از راه‌کارهای آنها برای مقابله با اعضای ناراضی است.
بسیاری از اعضای سازمان در سال‌های حضور در عراق به دلیل مخالفت با نظرات سرکردگان، درخواست جدایی از فرقه، سرپیچی از دستورات یا صرفاً به دلیل اعتراض، سربه نیست شدند. در همه این موارد سرکردگان مجاهدین با سناریوهایی ساختگی نظیر کشته شدن در حادثه، کشته شدن در عملیات و خودکشی، پرونده این افراد را مختومه کردند و هیچ گاه نیز امکان پیگیری این جنایت‌ها برای بستگان این افراد وجود نداشت.
بساط علی مشکین فام، عضو سابق سازمان مجاهدین خلق درباره رفتار خشونت آمیز سران فرقه با اعضا می گوید: همیشه با خودم می گفتم این کسی که با افراد خودش این گونه رفتار می کند و این همه قتل و شکنجه و جنایت را به راحتی انجام می دهد اگر به قدرت برسد با مردم چه رفتاری میکند!
اینجا بود که خطم را از خط سازمان جدا کردم. اما دیر شده بود… اگر کسی قصد خروج می کرد انگ نفوذی و وزارت اطلاعاتی و ستون پنجمی و بریده مزدور می خورد.
مشکین فام درباره حذف های درون تشکیلاتی می گوید:
می گفتند اشرف قبرستان سر خود است. ما آن موقع معنای این حرف را نمی فهمیدیم. شب می خوابیدیم و صبح یکی نبود!
عضو سابق فرقه رجوی به سر به نیست کردن ناصر محمدی اشاره می کند: تا ساعت 4 صبح با ناصر محمدی نگهبان بودیم ساعت 8 صبح تشییع جنازه اش بود.