مسعود رجوی از اشغال عراق توسط آمریکا به این سو هیچ گاه در محافل عمومی ظاهر نشده است. حدود یک دهه از این تاریخ می گذرد. وی در طول این مدت هیچ گاه در رسانه های وابسته به فرقه مجاهدین خلق نیز حاضر نشده است. به جز چند پیام صوتی و چند پیام متنی تا کنون هیچ گونه ویدئویی از وی منتشر نشده است. هیچ عکس جدیدی از وی نیز در دست نیست.
آخرین پیام متنی وی به سی ام دی 1388 بر می گردد که بعد از گذشت سه سال در سایت این فرقه به روز نشده است. این دیدگاه که مسعود رجوی مرده است از سوی منابع مختلفی مطرح می شود. بی‌بی‌سی نیز در فروردین ماه ۸۸ به کشته شدن مسعود اعتراف کرد و گفت: «از زمان اشغال عراق توسط نیروهای آمریکایی خبری از آقای رجوی نیست هر چند اکثرا معتقدند که او مرده است.»
گفته می شود مسعود رجوی در جریان حمله آمریکا به عراق کشته شده است. در حمله آمریکا به عراق، نیروهای مجاهدین خلق با آمریکایی ها درگیر شدند. جت های جنگنده آمریکا پادگان اشرف را بمباران کردند. در این بمباران 20 نفر از اعضای این فرقه کشته شدند. ظاهرا مسعود رجوی جزء این کشته شدگان بوده است.
«منظر. ل» از شهروندان اهوازی که به مدت سه سال از ۲۰۰۲ تا ۲۰۰۶ به عنوان مترجم فاطمه اروانی با مجاهدین همکاری می کرد و اینک از سازمان مجاهدین جدا شده نیز بر این باور است که در بمباران ناحیه ای در شهر اشرف که محل برگزاری کنسرت های موسیقی سازمان بود، مسعود رجوی کشته شد. او این اطلاعات را از اروانی نقل می کرد که در آن دوره فرماندهی اشرف را بر عهده داشت.
یکی دیگر از قرائن دال بر کشته شدن مسعود رجوی مذاکره “مهدی برائی” با آمریکایی ها به عنوان نماینده این فرقه برای تسلیم و خلع شدن در برابر ارتش آمریکا در عراق در سال 2003 میلادی است. “میلاد آریایی” عضو جدا شده مجاهدین خلق بر این باور است که اگر مسعود رجوی در صحنه حضور داشت، دلیلی نبود که مهدی براعی به جای رهبر سازمان وارد مذاکره با آمریکایی ها شود.
نظرات دیگری در خصوص سرنوشت مسعود رجوی نیز مطرح است. گفته می شود مسعود رجوی در تسویه درون گروهی فرقه مجاهدین خلق زندانی یا به قتل رسیده است. بر این اساس وی در جریان کودتای درون گروهی مریم رجوی علیه او، از سرکردگی گروه خلع و از بین رفته است. از این منظر مریم رجوی در کودتایی که به “کودتای مریم” خوانده می شود، مسعود رجوی را کنار گذاشته و اداره امور را در این فرقه به عهده گرفته است. با این همه هنوز خبر قطعی و دقیقی از مرگ مسعود رجوی در دست نیست. کسی نمی تواند مرگ مسعود رجوی را تایید کند.
بر این اساس مسعود رجوی زنده است و از محاکمه به خاطر سوابق تروریستی اش وحشت شدید دارد. به عبارتی مسعود رجوی هراس دارد که به سرنوشت متحد سابقش صدام حسین گرفتار شود. بر این اساس وحشت از محاکمه شدن سبب شده تا او زندگی مخفی در پیش بگیرد. این وحشت به قدری است که به گفته افراد جدا شده از فرقه، سخن از سرنوشت مسعود رجوی در میان اعضا تبدیل به یک تابو شده است؛ یعنی کسی حق و جرات طرح این پرسش را ندارد که مسعود کجاست؟ بر این اساس پنهان بودن به مسعود رجوی این فرصت را می دهد که مجبور به پاسخگویی در قبال گذشته تروریستی فرقه مجاهدین خلق، تجاوز به خاک کشور در جریان حمله مرصاد، چرایی ترور 12 هزار شهروند ایرانی، نقض گسترده حقوق بشر ساکنان کمپ اشرف و دیدگاه ها و تفکرات خشونت آمیزش نباشد.
در حقیقت در دسترس نبودن وی فضایی امن برای او به وجود آورده تا مجبور نباشد به سوالات متعدد در خصوص عملکرد و وضعیت مجاهدین خلق پاسخ دهد. در هر صورت زنده مسعود رجوی با مرده اش فرقی نمی کند. هم اکنون همه امور فرقه تروریستی مجاهدین خلق به دست مریم رجوی است و اعضای فرقه نیز یکی یکی از کمپ لیبرتی فرار می کنند. اما نکته قابل تامل کتمان این موضوع از سوی سرکرده های فرقه است. این امر بیش از هر چیز نشان دهنده مشی اختناق شدید در فرقه تروریستی مجاهدین خلق است. تنها رهبران گروه های تروریستی و فرقه های خطرناک هستند که زندگی مخفی در پیش می گیرند. بن لادن در القاعده نیز چنین وضعیتی داشت.