روز ۱۷ خرداد ۱۳۶۵ مسعود رجوی سرکرده فرقه از فرانسه اخراج و وارد عراق شد و در بغداد مورد احترام حکومت صدام قرار گرفت.
مستند پخش شده از تلوزیون الجزیره در رابطه با همکاری مجاهدین و صدام
رهبری سازمان با این تصور که سرنوشت جمهوری اسلامی به نتیجة جنگ عراق علیه ایران گره خورده است و با توجه به اینکه ابرقدرت‌ها مایل نبودند ایران در جنگ پیروز شود و بنابراین رژیم صدام در نهایت بازنده نخواهد بود، در چارچوب طرح آمریکا و متحدانش برای براندازی نظام جمهوری اسلامی، رسماً و علناً در کنار عراق قرار گرفت. وبا این کار خود تیر خلاص را درسال 65 برپیکر ازهم پاشیده سازمان شلیک کرد و درواقع آغازی شد برپایان تشکیلات.
از این رو رجوی در پی امضای معاهده‌ای در فرانسه با«طارق عزیز» ـ معاون نخست‌وزیر وقت عراق ـ و به بهانة تحت فشار قرار گرفتن از سوی دولت فرانسه، در 17 خرداد سال 65 وارد بغداد گردید.
پس از ورود وی به عراق، نیروهای نظامی سازمان که از سال 61 به تدریج در کردستان عراق مستقر شده بودند و سایر نیروهای گردآوری شده از داخل ایران و ترکیه و پاکستان، در داخل قرارگاه‌های تشکیلاتی سازماندهی شدند و سلسله عملیات متعددی را در طول نوار مرزی ایران با حمایت و پشتیبانی ارتش عراق علیه نیروهای ایران در مناطقی مانند سردشت، دهلران، مریوان، سرپل ذهاب، جنوب بانه، ارتفاعات کرمانشاه به انجام رساندند. در این عملیات‌‌ها تلفات جانی و تسلیحاتی قابل توجهی به برخی یگان‌ها و پایگاه‌های پراکنده نیروهای نظامی ایران وارد گردید.
سال 1365 رسماً و علناً پایان جنگ بی‌نتیجه شهری اعلام شد و مسعود در نشستی اعلام داشت که ازاین پس جنگ میکروشهری جای خود را به جنگ ماکروی مرزی می‌دهد. و این سرآغاز ادای دین به رژیم بعثی بود و فرقه را در مناسبات رژیم صدام به سمت حل شدگی سوق داد.»
در اوایل سال 1365 و در اوج دوران آشفتگی‌های سیاسی ـ استراتژیک سازمان، دست غیبی به یاری مسعود رجوی آمد. دولت ژاک شیراک، رجوی را به دلیل عدم توجه به قوانین داخلی و امنیتی کشور فرانسه از این کشور اخراج کرد.
شورای ملی مقاومت در نشست 23 اردیبهشت ماه 65 خود طی بیانیه‌ای اعلام کرد که «برای خنثی کردن توطئه‌های دشمن از یک سو و پاسخ‌گویی به الزام‌های مرحله جدید تدارک قیام از سوی دیگر، محل اقامت مسعود رجوی مسئول شورا از اروپا به کشور عراق منتقل می‌شود. شورای ملی مقاومت این انتقال را برای گسترش و سازماندهی نیروهای مسلح انقلاب از نزدیک، امری لازم و آخرین گام برای عبور به خاک میهن می‌داند…». به دنبال عزیمت مسعود رجوی از پاریس به بغداد، در همه امور سازمان تغییراتی ایجاد شد.
این تغییرات در شیوه سازماندهی نیروها و جنگ برای سرنگون کردن حکومت اسلامی در نظر گرفته شده بود. در همین راستا، شیوه جنگ‌ها که پیش از آن پارتیزانی در کردستان و جنگ چریک شهری در شهرهای ایران بود، به شکل جنگ‌های گردانی در مناطق مرزی با ارتش و سپاه پاسداران ایران سازماندهی شد.
اما با آمدن رجوی به عراق که از روی ناچاری و اجبار بود، بار دیگر ماشین تحلیل سازمان به کار افتاد و طی نشست‌های متعدد این پرواز را پرواز سرنوشت ساز و نقطه عطف پرخیر و برکت برای «مقاومت» ایران برآورد کردند و گفتند: «با آمدن رهبری به عراق ما اکنون در فاز سرنگونی [جمهوری اسلامی] قرار گرفته‌ایم»… واینگونه شد که اخراج خفت بار از فرانسه پرواز سرنوشت ساز و نقطه عطف پرخیرو برکت نام گرفت ودر واقع آغازی شد برای پایان تشکیلات فرقه.