رهبری سازمان مجاهدین با این تصور که سرنوشت جمهوری اسلامی به نتیجة جنگ عراق علیه ایران گره خورده است و با توجه به اینکه ابرقدرت‌ها مایل نبودند ایران در جنگ پیروز شود و بنابراین رژیم صدام در نهایت بازنده نخواهد بود، در چارچوب طرح آمریکا و متحدانش برای براندازی نظام جمهوری اسلامی، رسماً و علناً در کنار عراق قرار گرفت.
اسناد زیادی از خیانت بزرگ این سازمان و مسئولانش به ایران وجود دارد. در زمانی که ایران و ایرانیان با تمام وجود مقابل حمله همه جانبه صدام ایستاده بودند مسعود رجوی با صدام حسین دیدار کرد و خود را هم پیمان این دیکتاتور عراقی نامید.