درحالیکه پایه گذاران تشکیلات مجاهدین، سعی در ایجاد مشی مبارزاتی اسلامی اما با متد مسلحانه و غربی در این تشکیلات داشتند، اما بعد از همکاری های مسعود رجوی با ساواک در جریان دستگیری و اعدام موسسین مجاهدین، در سال 1354 سرکردگی این تشکیلات به افرادی قدرت طلب و التقاطی مانند تقی شهرام رسید.
تقی شهرام، که ابداً مشی اسلامی را راهکار مبارزه با رژیم پهلوی نمی دانست، ایدئولوژی مارکسیستی را با پوشش اسلامی به هواداران خود و تشکیلات تزریق کرد. این مسئله باعث شکاف در نفرات رده بالای مجاهدین شد. شریف واقفی از جمله کسانی بود که با رخنه مارکسیست در تشکیلات مخالف بود و حتی از ادامه همکاری با تقی شهرام منصرف شد و در صدد تاسیس شاخه اسلامی مجاهدین و عضو گیری از بین افراد معتقد بود. اما همسرش لیلا زمردیان که ساده لوحانه و البته به زعم خودش در راه مبارزه علیه رژیم پهلوی، تصمیم مجید شریف واقفی برای ایجاد شاخه اسلامی را به تقی شهرام گزارش داد.
سرکرده ی مجاهدین، جدایی شریف واقفی را به سبب ایجاد شبه در دیگر اعضاء رده بالا و حتی سمپات های تشکیلات می دانست. لذا با وعده های مختلف، جلسات توجیهی و حتی تهدید سعی در منصرف نمودن شریف واقفی کرد. اما نتوانست او را از تصمیمش برای جدایی از تشکیلات منحرف شده ی خود منصرف کند.
تقی شهرام در نهایت تصمیم به حذف شریف واقفی از طریق ترور گرفت. او مجید افراخته و محسن سید خاموش را که از اعضاء نزدیک به خودش بودند را به بهانه تمایل به جذب در شاخه اسلامی مجاهدین به ملاقات با شریف واقفی فرستاد. در ساعت 4 عصر 16 اردیبهشت 1354 و در محل ملاقات انجام گرفته، شریف واقفی توسط مزدوران تقی شهرام ترور و جسد سوزانده شده اش در خارج از شهر تهران انداخته شد.
پس از پیروزی انقلاب در سال 1357، دانشگاه آریامهر تهران که محل تحصیل شریف واقفی در رشته برق بود، به نام وی نام گذاری شد.
حذف منتقدین و برخورد فرقه ای با آنان هنوز هم با روش های متحجرانه تر ادامه دارد. چرا که مسعود رجوی سرکرده ی فعلی مجاهدین به مراتب خشونت گراتر و انتقاد ناپذیرتر از تقی شهرام است. سرکرده ی فرقه رجوی با یادبود سالگرد ترور شریف واقفی، سعی در فریب اذهان نسبت به ماجرای ترور او توسط همفکران و هم کیشان مارکسیستش دارد.