داهمت شرطة مكافحة الإرهاب الفرنسية يوم الثلاثاء 17 يونيو 2003 الموافق (27خرداد 1382 وفق التقویم الإیراني ) مكاتب زمره مجاهدي خلق والمباني السكنية للمتهمين بالإرهاب. خلال حملة الإعتقال التي شملت مريم رجوي و165عضواً من کوادر مجاهدي خلق البارزین تم مصادرة 1.3 مليون دولار نقدًا و قال مصدر قضائي فرنسي انه عثر على مبلغ 1.3 مليون دولار، من فئة مئة دولار، في خزنة داخل فيلا في اوفير – سور- واز بالمنطقة الباريسية مقر مجاهدي خلق الايرانية في اوروبا وتقدر الحسابات اللاحقة أن المبالغ التي تمت مصادرتها من صندوق مريم رجوي الشخصي تصل إلى 8 ملايين دولار. كما تمت مصادرة أجهزة الكمبيوتر والوثائق المكتوبة وأجهزة التجسس الإلكترونية الأخرى المتعلقة بهذه الجماعة ونقلها إلى مكان مجهول. ونقلت وزارة الداخلية الفرنسية في بيان عن جان لوي بروجير (قاضي متخصص في قضایا الإرهاب ) قوله في بيان: کان سبب مداهمة الشرطة لمکاتب الزمره وجود صلات إجرامیة والتحضیر لاعمال ارهابية وتمويل مشروع ارهابي (التي نظمتها زمره مجاهدي خلق ) ومكاتب الزمره في باريس هي قواعد تشغيلية وتنظيمية ولوجستية لجمع الأموال المشبوهة. كان غسل الأموال والتخطيط لعملیات إغتیال أعضاء المجاهدين المنشقین في أوروبا من بين التهم الخطيرة الموجهة ضد مجاهدي خلق. وكتبت صحيفة فيغارو الناطقة بالفرنسية في ذلك الوقت أن زمره مجاهدي خلق قد وضعت على جدول الأعمال خطة لإغتیال أكثر من 25 عضوا من المنشقين عن الزمره .
وأضافت الصحيفة أن الوثائق أظهرت أن زمره مجاهدي خلق كانت تستعد لشن هجمات إرهابية على 13 سفارة إيرانية في دول أوروبية. في نفس اليوم ، ذكرت صحيفة نيويورك تايمز أن دافع الحكومة الفرنسية لإعتقال مريم رجوي ورفاقها کان لمنع نقل مركز العمليات السياسية لزمره مجاهدي خلق من العراق إلى فرنسا. وكان رئيس إدارة مكافحة التجسس الداخلي بيير دو بوسكيه قد صرح بأن جماعة (مجاهدي خلق) الايرانية كانت تدبر لهجمات إرهابية على المصالح الايرانية خارج إيران وبصفة خاصة البعثات الدبلوماسية. وأضاف رئيس مكافحة التجسس قوله إن بعض هذه المصالح المستهدفة يقع في أوربا، وإن كان لا يوجد أي منها في فرنسا وقال بيير دوبوسكي حول اعتقال مریم رجوي : منذ خريف عام 2002 ، كانت وكالات الاستخبارات الفرنسية على علم بتزاید عدد أعضاء مجاهدي خلق القادمین من العراق.
حیث استأجرت زمره مجاهدي خلق مصنع طلاء في سانت كوين لامون ، وكانت تقوم بإنشاء استوديو تلفزيوني وتركيب أطباق للأقمار الصناعية ، وتحويله إلى مركز اتصالات. يشير هذا الأمر إلى بداية أبعاد جديدة للأنشطة التخریبیة لهذه الجماعة الإرهابية. وقال وزير الخارجية الفرنسي دومينيك دو فيلبان أيضا: لقد خططت جماعة مجاهدي خلق للقیام بعملیات إرهابية على الأراضي الفرنسية ، ولا يمكن لبلاده استضافة الإرهاب بأي شكل من الأشكال.
ووصف عمل القضاء الفرنسي بأنه “قضائي وليس سياسي” وأضاف : إن زمره مجاهدي خلق جماعة إرهابية قد أعلنت مسؤوليتها عن عشرات العمليات في إيران. ووصف رئيس الوزراء الفرنسي جان بيير رافاران في مقابلة مع جریدة لوموند عملية الشرطة الفرنسية ضد زمره مجاهدي خلق بأنها خطوة للمصلحة الوطنية. وأضاف أن سبب مداهمة زمره مجاهدي خلق الإرهابية هو الأوضاع المضطربة والتشنج الذي سبّبه ظهور الجماعات الإرهابية في العالم. و أن اعتقال أعضاء التنظيم سيسمح لفرنسا بمنع الإرهابيين من دخول الأراضي الفرنسية والإستقرار فیها. وقال رافارن إن الاتحاد الأوروبي يعتبر زمره مجاهدي خلق جماعة إرهابية التي أعلنت مسؤوليتها عن أكثر من 150 هجومًا على الأراضي الإيرانية ووفقا لرئيس الوزراء الفرنسي ، أمر قاضي محكمة مكافحة الإرهاب في البلاد الشرطة بمهاجمة مقرها من أجل تدمير نقطة قوة الزمره. كما نفت مصادر حكومية فرنسية أنباء تفيد بأن إيران طلبت من فرنسا اعتقال أعضاء زمره مجاهدي خلق الإرهابیة. کانت مجاهدي خلق قد روت قصة خیالیة للشرطة حول اعتقال مريم رجوي في 17 يونيو 2003 واعتبرت الحكومة الإيرانية متورطة ، وحتى ذلك الحين كان ُیعتقد أن مريم رجوي کانت تستقر إلى جانب أعضاء مجاهدي خلق الآخرين في معسکرأشرف.
ولكن بعد أن قامت القوات الفرنسية بعملية المداهمة ضد قواعد المجاهدين في باريس ذكرت وكالات الأنباء أن مريم رجوي كانت من بين المعتقلين في باريس تدخل أعضاء مجاهدي خلق على الفور. و قاموا بتعبئة أعضائهم ومؤيديهم في فرنسا وأوروبا لإشعال النار في أنفسهم ، کما خططوا لإشعال النار في معسكر أشرف مع سكانه وبناء علی الأمر الصادر عن مسعود رجوي و جيش التحرير تم دعوة أعضاء الزمره لإشعال النار في أنفسهم في فرنسا وأوروبا. وكان الهدف من العملية هو الضغط على فرنسا للإفراج عن المعتقلين ، وتحديداً مريم رجوي وأضرم العشرات من أعضاء زمره مجاهدي خلق النار أمام أعين المواطنين المندهشة في فرنسا وسويسرا وإيطاليا وكندا وکانت مجاهدي خلق قد أعدت لهذا الأمر مسبقاً مثل التصوير وتسجيل الأحداث. ونجم عن عملیات الإحراق المذکورة في فرنسا موت امرأتین هما ندی حسنی (صدیقة مهاجری ) ومرضیة (معصومة ) باباخاني. في حین نجا (محمد وکیلي فرد ) ووصف وزیر الداخلیة الفرنسیة مجاهدي خلق بأکثر الجماعات الإرهابیة وحشیة في العالم.
وورد في التقریر الأمریکي السنوي الصادر عام 2007م عن وزارة الخارجیة حول موضوع الإحراق ( اعتقلت السلطات الفرنسیة عام 2003م 160 عضواً من زمره مجاهدي خلق في معسکر یُعتقد أن الزمره تستفید منه في مجال التمویل والتخطیط للهجمات الإرهابیة وفي أعقاب اعتقال مریم رجوي هب أعضاء الزمره إلی شوارع باریس والدول الأوروبیة وأحرقوا أنفسهم الأمر الذي أجبر السلطات الفرنسیة علی الإفراج عن مریم رجوي ) لکن السید محمد حسین سبحاني العضو السابق في زمره مجاهدي خلق أکد علی أن عملیات الإحراق هذه کانت منهجة ومدبرة من قبل قیادة الزمره ولم تکن طوعیة ولاعفویة ولاناجمة عن قرارات فردیة. فوفقا لصحيفة لو باريزيان أن مجاهدي خلق کانت قد اتصلت بالصحیفة قبل حرق أعضائها أنفسهم ودعتها إلی مکان الحادثة. لم یحدث هذا الأمر فقط في الدول الأوروبية. ففي معسکر أشرف ، كان هناك طابور طويل من الأعضاء الذین ینتظرون إحراق أنفسهم. ومنذ ليلة 17 يونيو 2003 ، تجمع جميع أعضاء معسکر أشرف وقادتهم في الشارع الرئيسي للمخيم وكانوا ينتظرون إشارة لبدء عملیة الإحراق. كما تم تحضیر غالون البنزين مقدما.
وكان هناك ذعر كبير بين أعضاء وكوادر المجاهدين. فعلى الرغم من أن الكثيرين كانوا غير راضين ، إلا أنهم أجبروا على التجمع في المسيرة. في تلك الليلة تسائل الجميع عما إذا کانوا یعتقدون أن مريم رجوي لن تتركهم وحدهم في ظروف الحرب. ولكن يبدو أن والدة المجاهدين الإيديولوجية ، في الأيام التي سبقت الإطاحة بصدام وغياب مسعود رجوي ، هربت سراً إلى فرنسا مع عدد كبير من الكوادر البارزة لتقوم بتنشیط الزمره في أوروبا.
وأخيرًا ، بعد قیام واحد وعشرین شخصاً بإحراق أنفسهم بين 17 و 21 يونيو في فرنسا وبلدان أخرى ، نقلت زمره مجاهدي خلق عن وزارة الداخلية الفرنسية قولها إنه ليس هناك شك في أن مريم رجوي لن تعود إلى إيران ، لأن الحكومة الإيرانية لم تقدم مثل هذا الطلب. تسببت هذه الأخبار في إطفاء عیدان الكبريت وإعادة اسطوانات الغاز إلى معسکرأشرف. وأدت هذه القضية في 17 يونيو 2003 إلی إخراج مجاهدي خلق من القائمة السوداء الأوروبية ، وتم إغلاق هذه القضیة في 16 سبتمبر 2014 ( الموافق 25شهریور 1393 )، من قبل قاضي فرنسي. کما أظهر هذا الحادث أن زمره مجاهدي خلق والمجلس تحت إشراف مسعود ومريم رجوي ، خلافا لمزاعمهما بالتخلي عن الأعمال الإرهابية ، ما زالا عرضة للطائفية والإرهاب في أي وقت بسبب طبيعتهما الطائفية والإرهابية. أما عن الاجتماع السنوي للمجاهدين الذي یکلف الزمره ملايين الدولارات في باريس فهو فقط لإحياء ذكرى العمليات الإرهابية داخل إيران في الستينيات وما بعدها.