بعد عام 1979م ، عندما أصبح مسعود رجوي رئيسًا لزمرة المجاهدين بعد إطلاق سراحه من السجن ، حاول أولاً تحقيق الإنجازات الكاملة للثورة والشعب من خلال عنف الشوارع. ثم فر إلى فرنسا مع بني صدر. في أولى خطواته تزوج ابنة
بني صدر لإحکام قبضته علی بني صدر لكن بني صدر الذي عرف نوایا رجوي الحقیقیة طلق ابنته وأعلن انفصاله عن رجوي . ثم أبعد مسعود موسى خياباني عن طريقه عام 1985 بإعلانه موضوع الزواج والطلاق! وتلاشی آخر عضو هام في التنظيم . كانت ديكتاتورية مسعود رجوي قد بدأت بالفعل ، لقد أراد فقط وعاءًا مناسبًا حتى تتشكل رغبات مسعود الشريرة بصورة جدیدة .وذلك الوعاء کان العراق الذي کان في حالة حرب مع إيران فأشنع خیانة یمکن للعقل تصورها خيانة مسعود رجوي منذ لحظة دخوله أراضي العراق وتشكيل ما يسمى بالجيش الحر وتنفیذ عملیات وحشیة ضد إیران .
انهار الهيكل الرئيسي والعسكري لهذا التنظيم في العراق ، حيث قال مسعود رجوي عند دخوله: سوف أشعل نارا على الجبال! وفي الموقف المتناقض الذي اتخذته هذه الزمرة ببیعها لوطنها والتحالف مع صدام حسين في حرب مع إيران أطلق عليه اسم “رحلة السلام حاول رجوي إحضار كل من استطاع إلى العراق من الأسرى المفرج عنهم وأهالي الأنصار وبعض الشباب! و…. ثم انحرفت أهداف الزمرة عن مسارها واتضحت الحقیقة حث یمکنك الدخول في الزمرة لکن لایمکنك الخروج لقد بدأت الثورة الأيديولوجية! الطلاق القسري للأعضاء! انتهاك خصوصیة كل النساء مع القيادة! عارض غالبية الأعضاء قوانین الزمرة و کانت عواقب من یخالف الزمرة کبیرة فألقي البعض منهم في السجن! وتم تعذيب البعض الأخر! وحيثما دعت الضرورة تم کتم الأصوات وقطع الأنفاس!
ارتکب مسعود رجوي جرائم مختلفة خلف الأبواب المغلقة في ظل الديكتاتور العراقي صدام حسين لكن الناس لم يكونوا على علم بجرائم مسعود رجوي! لم تكشف وسائل الإعلام الكثير عن الطبيعة الجديدة للتنظيم في ذلك الوقت! والحقيقة هي أن الزمرة مرت بتحول جذري کبیر. فقط أعضاء الزمرة الذين تم أسرهم رأوا مایحدث والوجه الحقيقي للزمرة كان لدى الغرباء معلومات غير كاملة إلى حد ما حول هذا التحول المضاد للثورة داخل الزمرة.
لكن معظمهم نظر إلى الزمرة من نفس المنظور لعام 1979م و 1980م انتهت زمرة مجاهدي خلق عام 1973م بإعدام مؤسسيها ، ومهما كان وما نشهده اليوم لم يعد ذلك التنظيم لا أحد يفخر حتى بذكر المجاهدين في إيران اليوم ویُطلق علیها فقط إسم تنظیم رجوي .
في البداية كانت زمرة مجاهدي خلق وبدعم من مجموعة من الشباب الملتزمين والثوريين لها خلفية قوية وصامدة ، ولكن بعد إعدام المؤسسين وصعود مسعود رجوي في السجن ، بدأ انحراف الزمرة عن أهدافها . في بداية الثورة حصل عدد من معتقلي المجاهدين السابقين على دعمهم وفروا من التنظيم ، لكن بعد ذلك تغير كل شيء. في العراق مع مرور الوقت ، سعت قيادة التنظيم في العراق بشكل متزايد للقبض على الأعضاء ونهب ثروات العراق. أثناء الغزو الأمريكي للعراق وهروب مسعود رجوي واعتقال مريم رجوي في فرنسا ، ترك مسعود ومريم الأعضاء العاجزين وحدهم في العراق! تفكك التنظیم الرئيسي للزمرة بسبب وجود قوات التحالف وسقوط صدام حسين ثم موته ، وبدأ فيضان الانفصال عن التنظيم. كما تسببت الهجمات المستمرة للشعب العراقي على أشرف وليبرتي في سقوط العديد من الضحايا للزمرة .