في عام 1979 ، أنهت الثورة الإسلامية في إيران دیكتاتورية بهلوي القاسية الـي أتمت 50 عامًا بعد انتصار الثورة ، برزت جماعات وأحزاب كثيرة ، بعضها غريب عن الروح الإسلامية للثورة تبحث دون جدوى عن أهدافها غير الإسلامية والمادية وابتعدت بعض الجماعات عن الساحة السياسية في البداية ، لأنهم لم يروا القدرة على جذب الناس والوقوف في وجه الثورة الإسلامية التي کانت تتمتع بدعم من غالبیة الشعب الإیراني لكن بعض هذه الجماعات الـتي کان لها قلة من المؤيدين ، قامت بتحليل خاطئ للوضع الاجتماعي والسياسي في مرحلة ما بعد الثورة مما وضعها في موقف محرج وأدی إلی انسحابها من الساحة السیاسیة بشكل طبيعي أو قسري .
بدأت زمرة مجاهدي خلق نشاطها في ستينيات القرن العشرين في صورة ميليشيا طلابية ذات صبغة إسلامية ماركسية بعد عامین من قمع ثورة 15 خرداد قرر ثلاثة طلاب من جامعة طهران وهم محمد حنیف نجاد وسعید محسن وعلي أصغر بدیع زادغان وکانوا أعضاء سابقين في الجبهة الشعبية الثانية و نهضة الحرية , القيام بإنشاء تنظيم مسلح لمحاربة نظام الشاه .
تشكلت الزمرة في عام 1965، في البداية بناءً على المعتقدات الدينية لأعضائها استنادًا إلى تعاليم الإسلام ، ونظمت قواتها وتمكنت من جذب بعض الجماعات والشخصيات السياسية والدينية تم تشكيل الكادر الأولي للزمرة في عام 1967 من خلال تشكيل صفوف حول الأيديولوجية ، في حين أن هذه الجماعة بدایة لم تطلق علی نفسها أي إسم فمن الضروري أن نوضح أنه حتى عام 1972عندما وقع الأعضاء الأوليون في الزمرة في فخ للسافاك حین کانوا یقومون بتهیئة السلاح لم یکن لهم إسم محدد وبعدهذه الفترة تم تسمیتهم بمجاهدي خلق.
مع بداية الجولة الثانية من حياة الزمرة بعد إعدام وسجن أعضائها الأوائل ، اخترقت الأيديولوجية الماركسية أفکار رؤساء الزمرة الجدد في تلك الفترة كان العالم الإسلامي قد تعرف على الأفكار الماركسية والإشتراكية التي ترافقت بظهور حركات سياسية ثورية (نظام فيدل كاسترو في كوبا، ثورة غيفارا في بوليفيا، وحركات أخرى في أفريقيا وآسيا التي تتلقى دعماً من الاتحاد السوفياتي والصين) بدأ منظرو الجماعة مثل حنيف نجاد وعلي ميهن دوست بتأليف كتب مستلهمين الماركسية باعتبارها علم وفن النضال. وبناءاً على ذلك تقبلوا أصول الديالتكيك الماركسية. وكان أول مؤلفاتهم الذي تم نشره هو (مبارزة جيست؟) أي (ما هو النضال؟) والذي تضمن التأكيد على الثقافة العلمية الصحيحة في النضال. وقد نحى منظرو الجماعة منحى يسعى لتطبيق الأصول الديالكتيكية على التراث الإسلامي.
إذ قاموا بأخذ آية من هنا ، وعبارة من نهج البلاغة من هناك بهدف إثبات انطباقها على الأصول الديالكتيكية وأما موقف مجاهدي خلق من الدين، فقد تبنوا مقولات لينين المعادية للدين مثلاً: يجب أن نحارب الدين. هذه ألفباء المادية والماركسية. يجب أن لا تقتصر الحرب على الدين بالحرب الأيديولوجية بل يجب أن تمتزج بالحرب على الحركات الإجتماعية بهدف استئصال الجذور الاجتماعية للدين وقد أدى الانغماس في الفكر الماركسي إلى رفض المصطلحات الإسلامية وتبني مصطلحات جديدة مثل رأس المال، الطبقة البورجوازية، طبقة العمال، الانتهازية، مع بداية الثورة الإسلامية ، انضمت زمرة مجاهدي خلق الإيرانية ، التي تعرف أیضاً باسم المنافقين ، إلى الناس مع الحفاظ على وجه ومظهر الإسلام ، ولكن بعد فترة من الزمن ، كشفت الزمرة عن وجهها الحقیقي للثورة والشعب بعد سلسلة من عمليات الاغتيال والتحريض على الفتنة وزعزعة الأمن الذي کانت تسعی الثورة لإحلاله بعد سقوط الشاه فرأی الإمام الخمیني أن السکوت علی أفعالهم لم یکن في مصلحة الثورة فقام علناً بتحذیرهم .
بدأت الزمرة سلسلة من الإعمال الارهابية ضد الحكومة والشعب على السواء، فهي بذلك سبقت زمرة القاعدة في اللجوء إلى العنف واستخدام نفس الوسائل الإجرامية. فقد قامت بتفجير العشرات من السيارات المفخخة في الشوارع الإيرانية ، والتي راح ضحيتها الكثير من المواطنين الأبرياء.
كما قامت بعمليات اغتيالات واسعة شملت رموز النظام الإسلامي وقيادات سياسية وبرلمانية. فشنت الحكومة حملات ملاحقة وتفتيش للأحیاء السكنية لاعتقال أتباع الزمرة في جميع أنحاء إيران، وألقت القبض على كثيرين منهم وتم إيداعهم في سجن (إيفين) الشهير شمالي طهران.