في هذه الفترة واجهت الزمره عدة مشکلات ومن أهمها إعلانها کزمرة إرهابیة ومواجهة مشاکل مالیة وخسارة أعضائها وإغلاق مکاتبهم في أوروبا کما تعرض أعضاء الزمره لإعتقالات متفرقة في أوروبا ومواقف إيران من الزمره التي أدانتها وطالبت بمحاکمة الزمره إن زمرة مجاهدي خلق ، التي یشهد تاریخها الأسود علیها من الإرهاب والعمليات الإرهابية في الداخل والخارج ، کانت دائماً علی عداء مع جمهورية إيران الإسلامية بسبب أنشطتها الإرهابية لكن بدعم من الخارج ، خاصة في الغرب وأوروبا ، وسعت زمرة مجاهدي خلق دائمًا عملياتها دون أدنى خوف من منظمات حقوق الإنسان ومكافحة الإرهاب لكن التطورات الأخيرة في المجتمع الدولي ، وخاصة بعد التفجيرات الانتحارية في قلب الولايات المتحدة والهجمات على عدد من المواقع في البلاد وكذلك توسع الجماعات المطالبة بالحرية ،أجبر الدول الأوروبية والأمريكية علی إدانة الإرهاب الذي وصل إلی قلب أراضيها ، فأدان البريطانيون الذین کانوا یملکون إدراكًا تاماً ومعرفة واسعة عن زمرة مجاهدي خلق والوضع السیاسي في العراق ، الزمره بسرعة في السياق الجديد لتصبح نفسها زعيمة دول العالم المناهضة للإرهاب و في خطوة مثيرة وافق مجلس اللوردات البريطاني على قائمة 21 جماعة إرهابية ، بما في ذلك جماعة مجاهدي خلق الإرهابیة هذه القائمة ، التي جمعتها وزارة الداخلية البريطانية في 28/2/2000م قام بتصویبها مجلس النواب البریطاني في نفس العام وتعد بریطانیا أول بلد أوروبي اعترف بزمرة مجاهدي خلق الإرهابیة رسميًا كزمرة إرهابية ، ووفقًا لأحكام قانون الإرهاب الجديد في بریطانیا، يعد التعاون والدعم العام والمساعدة المالية لهذه المنظمات الإرهابية جريمة یُعاقب علیها القانون البریطاني .
بعد الحظر المفروض على أنشطة جماعة المجاهدين الإرهابية على الأراضي البريطانية ، رحب متحدث باسم وزارة الخارجية الإیرانیة بهذه الخطوة البريطانية ، وحث الدول الأوروبية الأخرى على عدم السماح لأعضاء زمرة مجاهدي خلق الإرهابیة بالإستفادة من الإمکانات البریطانیة التي تسهل ارتكابهم بأعمال إجرامية ضد إیران . من أجل إقناع الرأي العام ، وضعت الولايات المتحدة وأوروبا الزمره أيضًا تحت مظلة الجماعات الإرهابية ، في ضوء الأدلة القوية المستنکرة للأنشطة الإرهابية ، رغم أن هذا كان رد فعل على معارضة بعض الشخصيات السياسية في أوروبا لدعم الجماعات الإرهابیة ومن ضمنها زمرة مجاهدي خلق . غیر أن المبادئ الأساسية للسياسة الأمريكية والأوروبية هي دعم هذه الجماعة الإرهابية ضد جمهورية إيران الإسلامية من أجل تقويض النظام الإسلامي .
ما كان مهمًا ، بالطبع ، هو نشاط الكونجرس الواسع لأعضاء الكونجرس الأمريكي وبرلمانات الدول الأوروبية وتمویل الزمره وتقدیم الدعم لها، على الرغم من الجهود الزائفة بین السیاسسن الأوروبیین والأمریکیین في محاربة الإرهاب .
لا تزال السياسة الأوروبية والأمريكية تحارب الجماعات الإرهابية في العلن لکن مایجري خلف الکوالیس هو العکس تماماً، في 5/5/2002م ، أعلنت 15 دولة أوروبية في بروكسل رسميًا أن زمرة مجاهدي خلق جماعة إرهابية وأضافت في القائمة الجدیدة جیش التحریر الإیراني ( الجناح العسکري لزمرة مجاهدي خلق ) ( جماعة سریة تابعة للزمرة ) ورابطة الطلاب المسلمين في إيران مما يعني تجمید ممتلكات الأفراد والمنظمات التي يشار إليها باسم الجماعات الإرهابية في أعقاب الخطوة الأوروبية ، حظرت الولايات المتحدة أيضًا أنشطة الجناح السياسي لجماعة مجاهدي خلق وأغلقت مکاتبها في واشنطن وصنفت هذه الجماعة علی أنها زمرة إرهابیة وفق قرار وقع علیه کولن باول وزیر الخارجیة الأمریکیة السابق .
کما قام عملاء فيدراليون أمريكيون بإغلاق مكتب تمثيلي لمجاهدي خلق في مبنى الصحافة الوطنية الأمريكية في واشنطن ، فضلاً عن مكتب آخر للزمرة في المدينة ، واعتقال عدد من أعضاء الزمره . ومن جهة أخری، حاولت الحكومة العراقية تشديد السيطرة على التنظيم ، لذلك نشرت مجموعات خاصة من ضباط قوات الأمن الخاصة داخل معسكرات مجاهدي خلق الخمسة في محافظات البصرة وديالى ومسيان والأنبار وواسط وبذلك، لن يستطیع أعضاء الزمره مغادرة مقرهم إلا بإذن من ممثلي جهاز المخابرات الخاص العراقي المتمركز في هذه المقرات.
لکن سرعان ماألغت محكمة العدل الاوروبية قرار الاتحاد الأوروبي بتجميد أموال زمرة ”مجاهدي خلق” نتيجة إدراجها على اللائحة الأوروبية للمنظمات الإرهابية واعتبرت المحكمة الابتدائية في محكمة العدل الأوروبية في بيان ”أن الاتحاد الأوروبي انتهك حقوق الدفاع لعناصر مجاهدي خلق بعدم إمدادهم بالمعلومات الجديدة التي تبرر على حد اعتبارها ابقاءهم على اللائحة الاوروبية للمنظمات الارهابية، وبرفضها إعطاء المحكمة بعض المعلومات المتصلة بالمسألة وطالبت محكمة الاستئناف الأمريكية في واشنطن وزارة الخارجية بمراجعة تصنيفها لزمرة مجاهدي خلق الإيرانية المعارضة بأنها زمرة إرهابية أجنبية. وقالت المحكمة إن وزارة الخارجية لم تعط الزمره فرصة عادلة لتغيير التصنيف وأعادت المسألة إلى وزارة الخارجية. وقدمت مجاهدي خلق التماسًا عام 2008 لسحبها عن لائحة الإرهاب الأمريكية، لكن إدارة الرئيس السابق جورج بوش رفضت الطلب في مطلع عام 2009 .
وقالت إذاعة ألمانيا في تقرير لها: طلبت محكمة استئناف بواشنطن من وزارة الخارجية الأمريكية اعادة النظر في قرارها لتسمية مجاهدي خلق بالإرهاب وبرأي محكمة الاستئناف فمن الضروري شطب المجموعة من قائمه المنظمات الإرهابية في أمريكا وسبق أن قضت محكمة أوربا في لوكسمبورغ في عام 2008 بأن الاتحاد الأوربي أخطأ في تجميد أرصدة مجاهدي خلق وسلب حقها للدفاع عن نفسها.
ولاحقاً شطب مجلس وزراء الاتحاد الاوربي اسم مجاهدي خلق من قائمة الإرهاب فيما كانت بريطانيا قد شطبت اسم مجاهدي خلق من قائمة المنظمات الإرهابية في عام 2007. وفي خبر آخررفضت محكمة الاستئناف الامريكية بواشنطن قرار وزارة الخارجية اعتبار زمرة مجاهدي خلق الإيرانية المعارضة إرهابية وأعادته الى وزيرة الخارجية هيلاري كلينتون لاعادة النظر فيه ورداً علی ذلك دانت إيران بشدة في 8/5/2008م قرار القضاء البريطاني رفع زمرة مجاهدي خلق الإيرانية المعارضة من لائحة المنظمات الإرهابية لدى بريطانيا، في حين اعتبرت هذه الزمره القرار نصرا لها ومدخلا لاعتراف أوروبا بها وأكد المتحدث باسم وزارة الخارجية الإيرانية محمد علي حسيني أن إيران تدين بحزم قرار محكمة الاستئناف البريطانية الذي أصدرته أمس الأربعاء، وتؤكد أن هذا الحكم سياسي ولا أساس له وناجم عن مقاربة تقضي بالكيل بمكيالين تتبعها بريطانيا في مواجهة الإرهاب وأضاف أن المسؤولين القضائيين البريطانيين يجب أن يوضحوا هذا القرار للرأي العام وخصوصا الشعب الإيراني، مؤكدا أن “الأعمال الإرهابية التي تقوم بها هذه الجماعة ضد مسؤولي إيران وشعبها معروفة على نطاق واسع، وقرار محكمة بريطانيا لا يؤدي سوى إلى نشر الإرهاب والعنف وصرح عضو مجلس اللوردات البريطاني روبن كوربيت الذي دعم حملة الزمره، بأن إدراج الزمره على القائمة السوداء في الولايات المتحدة جاء تقليدا للخطوة الأوروبية وأضاف “ما نعرفه الآن هو أن المقاومة الإيرانية هي صديقة للحرية والذين يتولون السلطة في إيران هم الأعداء.