إن وجود اعضاء مجاهدي خلق مع أبنائهم على الأراضي العراقية خلق مشاكل أخرى للفرقه، وبصرف النظر عن الحفاظ عليهم وحل قضية توطينهم ، فقد كان عقبة رئيسيه أمام تحقيق أهداف الفرقة. كانت الجريمة الرئيسية للأطفال هي وجودهم في الفرقة! يجب على الآباء وضع كل عواطفهم في القيادة الفرقة.
وهكذا ، شكل الأطفال عقبة خطيرة أمام تطور ما أسماه رجوي “حربا شاملة” ، والطريقة الوحيدة كانت الانفصال الجسدي وقطع هذه الرابطة العاطفية بين الوالدين وأطفالهم.
لذلك ، في المرحلة الثانية من الثورة الأيديولوجية ، بدأ يفصل الأبناء عن الوالدين ، ووفر الأرضية له تدريجياً في الفرقة ، تاركاً مؤشراً آخر للنمو في الفرقة لأعضاء مجاهدي خلق لترك الأبناء. عانى معظم هؤلاء الأطفال بشكل مأساوي في دور الأيتام الأوروبية وتعرضوا للانتهاكات على نطاق واسع.