در بهار سال 1370 و در جریان جنگ اول خلیج فارس، سازمان مجاهدین خلق اقدام به کشتار مردم کردستان عراق کرد.
هرچند سازمان مجاهدین خلق در سال‌های گذشته این موضوع را انکار و عنوان کرده که درگیری آنان با نیروهای ایرانی بوده است (محمد محدثین مسئول سیاست خارجی شورای ملی مقاومت ایران در پاریس در گفتگویی گفته است: «مجاهدین علیه مخالفان هیچ کشوری از جمله مخالفان عراقی، هیچ همکاری با هیچ دولتی نکردند.»)؛ اما شواهد و اسنادی وجود دارد که نشان می‌دهد مجاهدین پس از جنگ تحمیلی و در حمایت از رژیم بعث صدام در عملیاتی با عنوان «مروارید» اقدام به کُردکشی کردند.
در جنگ اول خلیج فارس و به‌دنبال تضعیف رژیم بعث صدام، کردهای عراق که سه سال پیش از آن توسط ارتش صدام در شهر حلبچه و خُرمال بمباران شیمیایی شده بودند، فرصت را غنیمت شمرده مناطق کردنشین را به دست گرفتند.
شواهد و اسنادی وجود دارد که نشان می‌دهد مجاهدین پس از جنگ تحمیلی و در حمایت از رژیم بعث صدام در عملیاتی با عنوان «مروارید» اقدام به کُردکشی کردند.
** عملیات مروارید مجاهدین علیه کردها
مسعود رجوی به‌خواست مستقیم ارتش عراق، برای حفظ حکومت صدام و با بهانه حمله نیروهای جمهوری اسلامی ایران به پایگاه‌های مجاهدین خلق، نیروهای خود را به‌سمت مناطق کردنشین فرستاد و اقدام به سرکوب اکراد عراقی کرد تا نیروهای ارتش بعث عراق که تمام آن‌ها به جنوب رفته بودند، به شمال عراق بیایند.
رجوی مدعی شد که تیپ‌های رزمی سپاه پاسداران شهر خانقین را به تصرف نظامی خود درآورده‌اند و فرمان سریع جابه‌جایی و اعزام توپ، تانک و نیروی پیاده به این شهر را شبانه صادر کرد. شهر خانقین یک هفته روی خوش به خود ندید و بسیاری از نیروهای کرد مخالف رژیم صدام کشته شدند و بسیاری از خانه‌های مردم خانقین در این عملیات به‌طور کامل ویران شد.
ارتش صدام پیش از حمله به کویت، شهرک‌ها و روستاهای منطقه‌ای به‌نام «نوژول» واقع در شمال عراق را از حضور مردم کُرد تخلیه، تعدادی از مردم آن منطقه را کشته و بسیاری را روانه ایران و ترکیه کرده بود.
پس از عملیات فروغ جاویدان (مرصاد) که منجر به شکست مجاهدین از ایران شد، صدام حفاظت و نگهبانی از «نوژول» را به سازمان مجاهدین خلق سپرد که با شروع جنگ اول خلیج فارس، نیروهای رجوی از پادگان اشرف به آن منطقه رفتند.
کردها توانستند شهرهای موصل و سلیمانیه را به تسلط خود درآورند و سپس به‌سوی شهرهایی مانند طوز، کفری و جلولا پیشروی کنند. کافی بود تا کردها از سه‌راهی سلیمان‌بیگ عبور کنند و به جاده اصلی برسند و به‌سوی بغداد پیشروی کنند، در چنین موقعیتی، مقابله با آنان بسیار سخت می‌شد؛ اما ارتش به‌اصطلاح آزادی‌بخش سازمان مجاهدین خلق در همین مرحله با اجرای عملیات‌های «مروارید 1 و 2» و سرکوب مردم کرد و پیشمرگان در شهرهای مختلف مانع از پیشروی آنان شد.
یک هفته پس از تسلط نیروهای کرد بر شهرهای شمالی عراق، نیروهای مجاهدین خلق ایران با پوشش کردی و پوسترهایی از مسعود بارزانی و جلال طالبانی وارد کرکوک شدند.
همچنین بر اساس گزارش آژانس خبری پیامه، یک هفته پس از تسلط نیروهای کرد بر شهرهای شمالی عراق، نیروهای مجاهدین خلق ایران با پوشش کردی و پوسترهایی از مسعود بارزانی و جلال طالبانی وارد کرکوک شدند، شبه‌نظامیان و پیشمرگان کرد کرکوک را غافلگیر کردند و موجبات کنترل دوباره شهر کرکوک توسط حکومت بعثی‌ها را فراهم آوردند که در جریان آن به‌گفته نیروهای کرد عراقی، صدها تن از ساکنین کرد کرکوک توسط اعضای سازمان مجاهدین خلق ایران کشته شدند.
** جداشدگان سازمان؛ شاهدان عملیات
افراد بسیاری از جداشدگان سازمان، روایت‌هایی از این عملیات بیان کرده‌اند. حتی تعدادی از افراد سازمان به‌دلیل حمله به کردهای عراق از سازمان جدا شدند، البته اینان افرادی بودند که از تصفیه سازمان در امان ماندند. شکرالله گرگی‌زاده از اعضای جداشده سازمان در این رابطه می‌گوید: «من خودم از ترس این که بلایی سرم بیاورند و یا مرا بدهند به اطلاعات مخابرات عراق، چیزی نمی‌گفتم.»
شمس حائری یکی از اعضای قدیمی و جداشده سازمان در کتاب مرداب نوشته است: «سازمان مجاهدین خلق قسمت بزرگی از مناطق کردنشین… را قبل از اینکه کردها به این مناطق بیایند، به اشغال خود درآوردند. در شهر سلیمان‌بگ، اولین عملیات مجاهدین خلق علیه کردها… آغاز شد.
سلاح این پیشمرگ‌ها کلاشینکف و قناسه بود ولی مجاهدین خلق آن‌ها را با .B.M.P تانک‌های A55 و سایر سلاح‌های سنگین مورد حمله قرار دادند.
…بسیاری از سربازهای کرد عراقی که از جبهه فرار کرده و قصد رفتن به‌نزد خانواده‌های خود را داشتند و از ترس ارتش عراق و ناامن بودن جاده‌ها از کوه‌ها عبور می‌کردند، در بین راه مورد تهاجم و حمله مجاهدین خلق قرار می‌گرفتند و کشته می‌شدند.»
حائری در این کتاب علاوه بر اینکه عنوان کرده اعضای سازمان مجاهدین خلق به‌سوی خانه‌های کردها در شهر طوز تیراندازی کردند و اموال آنان را به غارت بردند، به ادعای سازمان در سال‌های گذشته پاسخ داده و آورده است: «مجاهدین خلق برای سرپوش گذاشتن روی کُردکشی و دخالت در امور داخلی کردها، جنگ با کردها را «عملیات مروارید» نامگذاری کرده‌اند؛ در صورتی که تنها در خانقین یعنی ناحیه مرزی ایران و عراق بخشی از نیروهای مجاهدین خلق… مورد حمله نیروهای رژیم (جمهوری اسلامی) قرار گرفتند؛ اما در بقیه نقاط… هیچ خبری از پاسداران نبود. در این عملیات، چهار نوجوان زیر بیست سال را دستگیر کردند و به‌عنوان «پاسدار» جلوی دوربین تلویزیون عراق آوردند تا ثابت کنند که کردهای عراقی ــ همه ــ کرد نبوده بلکه عوامل رژیم نیز بین آن‌ها بوده‌اند.
بسیاری از سربازهای کرد عراقی که از جبهه فرار کرده و قصد رفتن به‌نزد خانواده‌های خود را داشتند و از ترس ارتش عراق و ناامن بودن جاده‌ها از کوه‌ها عبور می‌کردند، در بین راه مورد تهاجم و حمله مجاهدین خلق قرار می‌گرفتند و کشته می‌شدند.
رضا اسدی خلبان و افسر نیروی هوایی نیز که در جریان فرار بنی‌صدر و رجوی از کادرهای پرواز بود و سال‌ها عضو سازمان بود و پس از چند سال از سازمان جدا شد، در کتاب خاطرات خود با عنوان «واپسگرا» آورده است: «مجاهدین خلق به صدام قول داده بودند که تا رسیدن نیروهای عراقی، جلو کردها بایستند و راه را بر آن‌ها ببندند… مجاهدین خلق نیروها و اعضای خود را این‌طور توجیه کرد که این‌ها ــ در واقع ــ کُرد نیستند؛ بلکه نیروها و سربازان رژیم جمهوری اسلامی هستند که به لباس کردها درآمده‌اند!»
** دشمنی رجوی با کردها
مسعود رجوی در نشست توجیهی خود به اعضای سازمان اعلام کرد: «سربازان ایرانی، در لباس کردها، درصدد حمله به مجاهدین هستند.»، البته او چندی بعد و زمانی که اعضا دچار تردید شدند، گفت: «پاسداران جمهوری اسلامی و اتحاد کردستان برای حمله به مجاهدین با هم متحد شده‌اند.»
پس از اجرای عملیات مروارید، جلسات جمع‌بندی عملیات در قرارگاه اشرف برگزار شد. مسعود رجوی در این نشست گفت: «کردهای عراق دشمن دیرینه ما بودند… در این عملیات ما با صاحب‌خانه وحدت استراتژیک و منافع مشترک داشتیم و صاحب‌خانه (صدام) را نجات دادیم.»
مریم رجوی هم گفت: «من به شما قبلاً پیام داده بودم که این‌ها لیاقت گلوله را هم ندارند و آن‌ها را در زیر شنی تانک قرار دهید و گلوله‌ها را برای پاسداران نگه دارید.»
مجید عالمیان فرمانده مهندسی محور یکم نیز در گزارشی عنوان کرد: «افراد محلی به‌همراه نیروهایی که توسط یگان‌های زرهی و مکانیزه محور یکم در ارتفاعات جبه‌داغ محاصره و قلع‌وقمع شده بودند، ما آن‌ها را با لودر دفن می‌کردیم که یکی از آن‌ها زنده بود و توسط فردی به‌نام غلام نبی به‌وسیله ناخن لودر چند بار به هوا برده و به زمین زده شد تا کشته شود. این کینه رزمندگان خواهر مریم نسبت به کردهای عراقی است.»
**اسناد و شواهد دیگر
در خصوص شواهد و اسناد، کردهای عراق بارها اعلام کرده‌اند که شواهد مستندی در دست دارند که ثابت می‌کند سازمان مجاهدین خلق در سرکوب قیام کردها در سال 1991 نقش داشته است.
پس از آرام شدن اوضاع، در دیداری که صدام از استان دیالی داشت، استاندار دیالی در برابر دوربین خبرنگاران به صدام گفت که “کشور عراق و استان دیاله را مدیون خدمات برادران مجاهد هستیم.”
عزت ابراهیم الدوری معاون اول صدام نیز بعد از سرکوب کردها، در نشست حزب بعث عراق اولین تبریک را به رجوی گفت و تمامی حاضران به‌مدت چند دقیقه برای رجوی کف زدند. فیلم این جلسه را رجوی در نشست درونی سازمان برای همه اعضا پخش کرد.
در سال 2009 نیز که دادگاه عالی عراق برای بررسی جنایات رژیم سابق عراق در زمان قیام‌های سال 1991، تشکیل شد، اعلام شد که حدود 5 هزار شکایت‌نامه علیه رژیم بعث و سازمان مجاهدین خلق به دادگاه ارسال شده است.
بنیاد هابیلیان نیز چند سال پیش اقدام به انتشار نام 142 تن از سرکردگان و اعضای سازمان که در عملیات مروارید نقش داشتند، کرد.
کردهای عراق به‌قدری از سازمان مجاهدین خلق نفرت دارند که پس از سقوط صدام، خواهان محاکمه مسعود رجوی به‌اتهام همدستی با صدام حسین در سرکوبی مردم کردستان این کشور شدند.