در ششمین جلسه دادگاه مجاهدین خلق، یکی از موضوعاتی که نماینده دادستان به آن اشاره کرد مسئله شکنجه و زندان در درون تشکیلات سازمان بود.
نماینده دادستان با حضور در جایگاه گفت: مطالبی را در جلسه چهارم در خصوص شکنجه اعضایی که از گروه تروریستی مجاهدین جدا شده بودند عرض کردم. آنجا عنوان شد این گروه تروریستی فردی که خواهان جدایی بود و به این نتیجه رسیده بود که فریب خورده بود را به مدت دو سال حبس می کردند تا اطلاعاتشان در خصوص این گروه بسوزد و بعد از این مرحله این افراد تحویل استخبارات عراق می شدند تا پرونده برای آنها تشکیل شود و در آنجا تا ۸ سال حبس می شدند.
در مواردی که فرد تأثیرگذار بود به طریقی او را می کشتند و وانمود می کردند که خودکشی کرده است.
نماینده دادستان افزود: امروز سند دیگری را که مربوط به FBI سال ۲۰۰۴ امریکا است را عرض می کنم. در قسمتی از این سند عنوان شده مخالفان بلافاصله از میان اعضا و طرفداران نیروهای مجاهدین برداشته می شوند. مجاهدین خلق دارای زندان‌های خود با نام مستعار هتل بودند و در این مکان‌ها اسنادی هست که مجاهدین خلق اعضای خود را شکنجه می‌کردند.