در اولین جلسه دادگاه در ۲۱ آذرماه ۱۴۰۲، نماینده دادستان، اتهامات ۴ نفر از متهمان پرونده یعنی تشکیلات موسوم به مجاهدین خلق (معروف به گروهک منافقین) متهم ردیف اول، مسعود رجوی متهم ردیف دوم، مریم قجر عضدانلو (رجوی) متهم ردیف سوم و مهدی ابریشمچی متهم ردیف چهارم پرونده را قرائت کرد.
در جلسه دوم دادگاه در ۲۸ آذرماه ۱۴۰۲، کیفرخواست متهمان ردیف ۵ تا ۲۳ پرونده اعم از زهره اخیانی، فهمیه اروانی، مهدی براهی، مژگان پارسایی، زهرا مریخی، محمد علی توحیدی خانیکی، علی خدایی، مهدی خدایی، عباسعلی داوری فیضی پورآذر، سید مجید سید المحدثین، صدیقه حسینی، مسعود طریقت، مهوش سپهری، قدسی خرازیان، مهناز سلیمیان، محسن سیه گلاه، مریم فضل مشهدی، بهشته شادرو، ژیلا دیهیم قرائت شد.
در جلسه سوم دادگاه در ۵ دی ماه ۱۴۰۲، نماینده دادستان کیفرخواست متهمان ردیف ۲۴ تا ۳۳ اعم از ابوالقاسم رضایی، حمیرا حجتی امامی، محمود عطایی کاریزی، گلناز جواهری ساعتچی، مهربان حاجی نژاد، مرتضی اسماعیلیان مارنانی، دولت نوروزی، زهرا بخشایی، محمد حیاتی و نیکو خائفی اشکذری را قرائت کرد.
در چهارمین جلسه در ۱۲ دی ۱۴۰۲، نماینده دادستان، قبل از قرائت ادامه کیفرخواست به تشریح جنایات گروه تروریستی مجاهدین خلق پرداخت.
در پنجمین جلسه دادگاه در ۱۹ دی ماه ۱۴۰۲، کیفرخواست متهمان ۳۴ تا ۴۲ پرونده قرائت شد.
در ششمین جلسه دادگاه در ۲۶ دی ماه ۱۴۰۲ کیفرخواست متهمان ۴۳ تا ۷۰ قرائت شد.
در هفتمین جلسه دادگاه در ۳ بهمن ۱۴۰۲ کیفرخواست متهمان ۷۱ تا ۸۹ قرائت شد.
در هشتمین جلسه دادگاه در ۱۰ بهمن ماه ۱۴۰۲ کیفرخواست متهمان ۹۰ تا ۱۰۵ به همراه عناوین اتهامی متهمان و اسامی شکات قرائت شد.
در نهمین جلسه دادگاه ۱۱ بهمن ۱۴۰۲ نماینده دادستان به ادامه قرائت کیفرخواست پرداخت. در جلسه نهم دادگاه به رویکرد اتحادیه اروپا و کشورهای اروپایی در قبال گروه تروریستی مجاهدین خلق پرداخته و سابقه‌ای از قرار گرفتن و خروج نام این گروه در فهرست سازمان‌های تروریستی اتحادیه اروپا شرح داده شد.
همچنین به برخی از اقدامات تروریستی تشکیلات مجاهدین خلق و سرسپردگی این گروه به صدام حسین پرداخته شد. نماینده دادستان تاکید کرد که گروهک تروریستی مجاهدین خلق تحت حمایت رژیم صدام دست به اقدام‌های تروریستی مختلف زده است. همچنین به مستندات مربوط به شهادت برخی از اعضای پیشین مجاهدین خلق درباره اقدام‌های تروریستی اشاره شد. در ادامه قرائت کیفرخواست نماینده دادستان به حمایت مالی کشورهای غربی از سازمان مجاهدین خلق و تلاش برای مشروعیت‌بخشی به آن جهت معرفی این گروه به‌عنوان گزینه جایگزین حکومت ایران پرداخت. او همچنین مریم رجوی را یکی از نفرات اصلی سازمان در نزاع خشونت آمیز علیه حکومت ایران معرفی کرد.
در دهمین جلسه دادگاه ۱۷ بهمن ۱۴۰۲، نماینده دادستان به بررسی رابطه آمریکا با سازمان مجاهدین خلق به عنوان یک تشکیلات با سوابق تروریستی پرداخت. در این گذر مطرح شد که سازمان مجاهدین خلق از پیش از انقلااب برای مبارزه با امپریالیسم مسلح شد و پس از انقلاب نیز سلاح خود را زمین نگذاشت و در سی خرداد 60 علیه مردم کشور خود جنگ مسلحانه را آغاز کرد. در این جلسه وکیل شکات به همکاری مسعود رجوی با ساواک و ئتخفیف حکم او از اعدام به حبس اشاره کرد. به باور او مسعود رجوی نفوذی ساواک در تشکیلات مچجاهدین خلق بود و همکاری او با ساواک منجر به قتل شماری از اعضای تشکیلات شد. او اسناد همکاری رجوی با ساواک را به دادگاه ارائه کرد.
در یازدهمین جلسه دادگاه ۴ اردیبهشت ماه سال ۱۴۰۳، قاضی دهقان از مقامات کشور آلبانی و دیگر کشورهای اروپایی که میزبان مجاهدین خلق هستند درخواست کرد که برای استرداد متهمین به ایران با دادگاه همکاری کنند. همچنین در این جلسه عضو پیشین مجاهدین خلق علی اکرامی به عنوان مطلع در دادگاه حضور یافت و از روابط مالی و نظامی میان رژیم صدام حسین و مسعود رجوی سخن گفت. صفاءالدین تبرائیان پژوهشگر و نویسنده کتابی درباره مجاهدین خلق نیز در این جلسه حضور یافت و سازمان را گروهی چپ گرا معرفی کرد که در نهایت به راست گردش کرد. به گفته او این گروه اگرچه خود را مارکسیست می‌دانست، اما ادامه حیات خود را به امپریالیسم گره زد.
در دوازدهمین جلسه دادگاه در ۱۸ اردیبهشت ماه سال ۱۴۰۳ ، در ابتدای این جلسه قاضی دهقان به کشورهایی که میزبان متهمان این پرونده هستند تذکر داد که میزبانی از این متهمان برابر کنوانسیون‌ها بین الملی مبارزه با تروریسم جرم محسوب می‌شود و برخی از این کشورها مانند فرانسه نسبت به میزبانی متهمان این پرونده که متهم به اقدمات تروریستی و جنایت علیه بشریت هستند، تجدید نظر کنند. وکیل شکات در این جلسه به اسلام گرایی دروغین مجاهدین خلق پرداخت. به باور او سازمان مجاهدین در آغاز فعالیت که در حال عضوگیری بوده پوسته و تفکر اسلامی را مطرح کرده و جوانان مسلمان و اسلام‌گرا را جذب کرده در یک مرحله تقی شهرام نه تنها تغییر ایدئولوژی بلکه روتوش برداری از سازمان را اجرایی کرده است و ماهیت واقعی سازمان را برملا کرده است.
در سیزدهمین جلسه دادگاه در ۸ خردادماه ۱۴۰۳، یکی از اعضای سابق سازمان مجاهدین خلق، روایت‌هایی از شکنجه‌های این سازمان را مطرح کرد. در این جلسه همچنین رئیس دادگاه اعلام کرد که هرگونه صدور اوراق شناسایی برای متهمان پرونده سران گروه تروریستی مجاهدین خلق خلاف قوانین پلیس بین‌الملل است.
در چهاردهمین جلسه دادگاه در ۲۲ خرداد ماه ۱۴۰۳، طرح سازمان مجاهدین خلق برای ترور شهروندان عادی با ظاهر مذهبی، مصادیق جرائم بین المللی سازمان مجاهدین و همچنین موضوع قابلیت پیگیری طرح شکایت خانواده های اعضای گرفتار در تشکیلات این سازمان در جلسات همین دادگاه مطرح شدند. قاضی دهقانی از همه شهروندانی که از این گروه به نوعی شکایت دارند خواست تا از طریق تلفنی که اعلام می شود مراتب دادخواست خود را اعلام کنند.
پانزدهمین جلسه دادگاه رسیدگی به اتهامات اعضای سازمان مجاهدین ۱۹ تیرماه در شعبه یازدهم دادگاه کیفری یک استان تهران برگزار شد. ماجرای بمب گذاری 7 تیر در دفتر حزب جمهوری اسلامی در این جلسه از دادگاه مرور شد و مهندس ابراهیم خدابنده به عنوان مطلع در جلسه حضور داشت. قاضی دادگاه رو به کشورهای میزبان مجاهدین خلق گفت: هیچ کشورِ عضو کنوانسیون مبارزه با تروریسم حق میزبانی از تروریست‌ها را ندارد؛ یا خودشان متهمان را محاکمه کنند یا آن‌ها را به ایران مسترد کنند.
