در شهریور ماه سال 1350 کلیه کادرهای بالای سازمان مجاهدین خلق توسط ساواک شاه شناسایی و دستگیر شدند. مسعود رجوی نیز قبل از همه در مرداد ماه با تعدادی دیگر دستگیر شده بود. ناصر صادق، علی باکری، محمد بازرگانی و علی میهن دوست در 30 فروردین 1351 و محمد حنیف نژاد، سعید محسن، علی اصغر بدیع زادگان، محمود عسگری زاده و رسول مشکین فام در 4 خرداد 1351، به دست رژیم طاغوت در زندان اوین اعدام شدند. حکم اعدام مسعود رجوی با یک درجه تخفیف به حبس ابد تبدیل شد.
اسناد و مدارکی که بعد از انقلاب از آرشیو محرمانه ساواک به دست مردم افتاد و بخشی از آن ها در دی ماه 1361 انتشار بیرونی پیدا کرد، نشان می دهد که علت اصلی دستگیری های وسیع سال 1350 همکاری شگفت انگیز دو نفر از دستگیر شدگان همین جریان، یعنی مسعود رجوی و تقی شهرام با ساواک بوده است. این دو در همان بازجویی های مقدماتی اطلاعات فراوانی را در دسترس سازمان امنیت شاه گذاشتند. مسعود رجوی به یمن تلاش برادرش کاظم رجوی که سفیر شاه بود و با ساواک نیز همکاری داشت و همکاری خود مسعود در زندان با ساواک؛ تنها عضو مرکزیت بود که اعدام نشد و حکم او به حبس ابد تقلیل یافت.
ارتشبد نعمتالله نصیری رئیس ساواک، در نامه ای به دادرسی ارتش، مسعود رجوی را از «همکاران» ساواک معرفی کرده و نوشت: «در جریان تحقیقات، کمال همکاری را در معرفی اعضای سازمان مکشوفه به عمل آورده و اطلاعاتی که در اختیار گذارده از هر جهت در روشن شدن وضعیت شبکه مزبور مؤثر و مفید بوده است. مسعود رجوی پس از خاتمه تحقیقات نیز در داخل بازداشتگاه ها همکاری صمیمانه ای با مأمورین به عمل آورده لذا به نظر این سازمان (ساواک) استحقاق ارفاق و تخفیف در مجازات را دارد.»
کسانی که در چهارم خرداد اعدام شدند نوعاً دارای گرایش مذهبی و از چهره های نسل اول سازمان مجاهدین خلق بودند که به قول خودشان ضد امپریالیست و مدافع جنبش فلسطین بودند. اعدام بنیانگذاران صدیق سازمان در سال 1351 ضربات روحی شدیدی به جریانات مذهبی مبارز علیه رژیم ستم شاهی وارد آورد، اما تغییر ایدئولوژی و مارکیسست شدن سازمان به رهبری تقی شهرام و تسویه حساب های خونین درون گروهی ضربه شدیدتری برای این جریانات بود که شاه حداکثر استفاده را از آن نمود.
موضوع مورد بحث این روزها دگردیسی در سازمان مجاهدین خلق است. امروزه سازمان مجاهدین خلق تحت رهبری مسعود رجوی تمام مرزهای خیانت و جنایت را در نوردیده و به عمله ی دست چندم دشمنان ایران و ایرانی بدل گشته است. شعارهای ضد امپریالیستی و ضد آمریکایی نه تنها کنار گذاشته شده اند بلکه تلاش فراوانی برای جلب نظر خصوصاً جناح های تندرو و جنگ طلب آمریکا صورت می گیرد.
علت چنین چرخش 180 درجه ای در سازمان مجاهدین خلق که یک بار در سال 1354 (انقلاب ایدئولوژیک تقی شهرام) و یک بار دیگر 10 سال بعد در سال 1364 (انقلاب ایدئولوژیک مسعود رجوی) اتفاق افتاد برای بسیاری هنوز لاینحل مانده است.
عده ای متعقدند که از ابتدا سنگ بنا توسط بنیانگذاران کج گذاشته شد و آنچه امروز می بینیم محصول طبیعی همان شروع غیر اصولی است. اما برخی دیگر بر این اعتقاد استوارند که انحراف به دست امثال مسعود رجوی و تقی شهرام که در غیبت بنیانگذاران، رهبری سازمان را به ناحق تصاحب کردند صورت گرفت.
بنابر اسناد به دست آمده از ساواک شاه، وحید افراخته در متون بازجویی های خود کتباً اعتراف کرده که طرح ترور شهید بهشتی در دستور کار سازمان بوده است و البته تأکید بر این شده که مسئولیت آن به گردن سازمان نیفتد و به صورت تصادف جلوه کند. البته این امر بعد از انقلاب به دست مسعود رجوی جانشین تقی شهرام به مرحله اجرا درآمد.
مرحوم آیت الله طالقانی که مسعود رجوی تلاش داشت از نام او سوءاستفاده نماید همچون اکثر روحانیون انقلابی آن روز با آنان مرزبندی نمود. او در خطبه های نماز عید سعید فطر در دانشگاه تهران فریاد زد:”من خود را برای این ها داشتم فدا می کردم، حتی بعضی از تنگ نظرها و اندک بین ها مرا متهم می کردند، اما با این کارهایی که کردند دیگر در میان مردم جایی ندارند. بروند فکر دیگری بکنند. شما خیال می کنید من طرفدار این گروه ها هستم؟ من مطمئنم اگر این گروه ها بفهمند که من حرفی برخلاف شان زده ام یا می زنم، از من می بُرند، ولی من غرضم از مدارا با این ها این است که این ها به اسلام جلب شوند تا بتوانم اشتباهاتشان را رفع و کاری کنم که به راه بیایند.”
محمدی