خشونت جزئی جدایی ناپذیر از ماهیت سازمان مجاهدین خلق بوده و هست. این خشونت نه تنها در حق ملت ایران و عراق بلکه در حق اعضای خود تشکیلات هم صورت گرفته است و همچنان در جریان است.
سازمان ديده بان حقوق بشر در يك گزارش مفصل بنام خروج ممنوع که در سال 2005 منتشر شد، به مسئله نقض حقوق بشر در كمپ هاى سازمان مجاهدين خلق پرداخته است.
در این گزارش، موارد نقض حقوق بشر در مورد ناراضيان شامل حبس هاى طويل المدت، حبس هاى انفرادى، ضرب و جرح، آزارهاى روانى و زبانى، اعتراف هاى اجبارى، تهديد به اعدام و شكنجه هائى كه در دو مورد به مرگ منجر شده اند، ياد شده است. يكى از شاهدان كه ديده بان حقوق بشر با او مصاحبه نموده به مدت هشت سال و نيم درسلول انفرادى بسر برده و سه شاهد ديگر از مرگ فردى بنام پرويز احمدى بر اثر شكنجه گزارش داده اند. بسيارى از اين افراد همچنين گفته اند كه تحت شكنجه هاى شديد، وادار به امضاى اعترافنامه هاى دروغين مبنى بر ارتباط با عوامل اطلاعاتى جمهورى اسلامى شده اند.
بساط علی مشکین فام عضو سابق سازمان مجاهدین خلق درباره یکی از بازجوهای سازمان که به خاطر افراد کشته شده در زیر شکنجه، متناقض شده بوده است می گوید:
مریم رجوی در پاسخ به سوال او گفت: نیاز انقلاب به ریختن خون است. اگر هر کسی برای مسئولیتی که به او محول می شود چون و چرا کند، خط پیش نمی رود.