مباحث مالی فرقه مجاهدین خلق از جنجالی ترین موضوعات مربوط به این گروه تروریستی است. این سازمان تا سال 2003 که عراق رسما به اشغال آمریکا و دول مهاجم درآمد، کاملا تحت حمایت صدام حسین بود. البته رهبران این فرقه سعی کردند با انتشار اسناد جعلی وانمود کنند که در زمان مزدوری صدام حسین تمام هزینه های مربوطه را خود پرداخت می کرده اند اما انتشار اسناد و فیلم ملاقات های رجوی و صدام و دیگر مقامات بعثی مانند ژنرال حبوش و اسناد کمک های مالی از رژیم بعث کاملا روشن کرد که این سازمان تروریستی کاملا از حمایت مالی و تسلیحاتی حکومت بعث برخوردار بوده است. "دفتر هماهنگ کنندهی ضدتروریسم ِ وزارت خارجهی امریکا" در گزارش سالانهی تروریسم 2006 امریکا به این موضوع پرداخته است. در این گزارش که در تاریخ 30 آوریل 2007، منتشرشد، آمده است:" قبل از عملیات آزادی عراق، گروه(فرقه مجاهدین خلق) حمایت نظامی و عمدهی حمایت مالی خود را از رژیم سابق عراق دریافت میکرد." موضوع منابع مالی مجاهدین خلق زمانی ابعاد تازه و هولناکی به خود گرفت که دیگر حکومت بعث وجود نداشت تا هزینه های جاری آنها را برای اقامت در پادگان اشرف و تسلیحات مورد نیازشان را تامین کند. گردانندگان سازمان به شیوه های مختلفی روی آوردند تا کمک های ایرانیان خارج از کشور را جمع آوری کنند اما سابقه تروریستی سازمان سبب شد کسی حاضر نشود وجهی به آنها کمک کند. همین امر فرقه رجوی را در تداوم و توسعه شیوه های غیر قانونی کسب درآمد و جمع آوری کمک از شهروندان اروپایی تشویق می کرد. آنها بزرگترین گروههای پولشویی در مهمترین شهرهای اروپایی را به وجود آوردند. کار این گروههای معمولا چند نفره این بود که با استفاده از تصاویر کودکان جنگ زده، آواره و بی سرپرست – که در بسیاری موارد کودکان حاصل از طلاق های ایدئولوژیک ساکنان اشرف نیز به کار گرفته می شدند- تحت عنوان سازمان های بشر دوستانه و نهادهای خیریه به جمع آوری کمک های مردمی مبادرت ورزند. در نتیجه این اقدامات در مدت چند سال ثروت هنگفتی نصیب گردانندگان مجاهدین خلق شد. اما این موضوع واکنش پلیس امنیت کشورهای اروپایی را برانگیخت. در راستای مبارزه با پولشویی مجاهدین خلق مریم رجوی به همراه چند تن از سران این فرقه در تاریخ خرداد ماه 1382 (ژوئن 2003) دستگیر شد.
بلافاصله وزارت کشور فرانسه به نقل از قاضی ضد تروریسم، ژان لویی بروگیه، در بیانیه ای دلیل دستگیری مریم رجوی را این گونه اعلام کرد که:"دفاتر این سازمان در پاریس، پایگاه های عملیاتی، تشکیلاتی و لوجستیک برای جمع آوری پول های مشکوک است."
در پاییز 1387 نیز خبرگزاری رویترز با انتشار گزارشی به نقل از منابع قضایی فرانسه و سوئیس اعلام کرد که ده تن از اعضای سازمان مجاهدین خلق طی یک عملیات مشترک میان نیروهای قضایی دو کشور بازداشت شده اند. اتهام اصلی این افراد پولشویی و دریافت پول از منابع نامشروع و غیرقانونی جهت استفاده در عملیات های تروریستی ذکر شد. محدویت هایی که در کشورهای اروپایی در خصوص شیوه های پولشویی مجاهدین خلق اعمال شده است گردانندگان این سازمان را به این فکر انداخته است تا شیوه های جدیدتری در پیش بگیرند. یکی از این شیوه های جدید قاچاق انسان است. اخیرا خبرگزاری آلمان شواهد و مدارکی فاش کرد که نشان می دهد مجاهدین خلق با وارد کردن ایرانی های زیادی به لندن به صورت غیر قانونی جهت تقاضای پناهندگی پول هنگفتی را به جیب می زده است. مرکز این گروه قاچاق انسان که از اعضای مجاهدین خلق هستند در آمستردام هلند قرار داشته و تعدادی پاسپورت، کارت شناسایی،کلت کمری و مواد بیهوش کننده از آنها بدست آمده است. البته سرقت بانک و سرمایه های مردم در رژیم پهلوی نیز به اسم مبارزه با امپریالیسم در کارنامه این فرقه وجود دارد.