بعد از اعلام جنگ مسلحانه سازمان علیه انقلاب اسلامی دوره جدیدی از مقاومت مردم ایران در دفع شرارت های سازمان آغاز شد، مردم انقلابی و خشمگین ایران پس از توطئه و تجاوز رژیم صدام حسین و امپریالیسم امریکا دیگر طاقت نداشتند خون جوانانشان در قلب تهران و توسط ایادی رجوی ریخته شده و مورد تهاجم قرار گیرند. لذا با تمام توان به کمک نیروهای مدافع انقلاب شتافتند طوری که لرزه بر اندام کسانی افتاد که با توسل به اسلحه های سرقتی اوایل انقلاب گمان میکردند میتوانند رژیم تازه تاسیس را سرنگون کنند.
خیلی از کادرهای مرکزی سازمان صحنه کارزار را ترک و به لانه های مخفی خود در شمال کشور پناه بردند، در این بین رجوی که همواره در بزنگاه های تاریخی فرار را برقرار ترجیح میدهد بساط مبارزه را جمع و به همراه بنی صدر که وبال گردنشان شده بود، از صحنه مبارزه فرار و به کشور فرانسه پناهنده شد.
سازمان در توجیه علت این فرار خفت بار، توسعه مبارزه و رساندن صدای مقاومت مردم ایران به گوش جهانیان و تظلم خواهی از حمله به اصطلاح چماقداران سازمان یافته و پاسداران مسلح به ستادها و دفاتر خود در سراسر کشور دانست، که ناگزیر ادامه فعالیت سیاسی را از آنها ساقط و ناممکن و راهی جزء مقاومت مسلحانه برای آنها باقی نگذاشته بود.
مسعود رجوی در روز 30 تیر 1360 تاسیس شورای ملی مقاومت را به عنوان آلترناتیو حکومت جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد تا بهانه کافی برای فرار از مهلکه ای خود ساخته و تنها گذاشتن کسانی که جایی برای پنهان شدن نداشتند چه رسد به ادامه مبارزه و قهر انقلابی داشته باشند.
متعاقبا در 7 مرداد همان سال با بهانه گسترش و معرفی همین آلترناتیو با یک پرواز که برای بزرگنمایی نزد هواداران مسلخ شده آن را پر مخاطره نامیدند از یک پایگاه نظامی از تهران به پاریس فرار کرد.
اما استراتژی سازمان بعد از این فرار بیشتر از قبل سمت و سوی خیانت و جاسوسی به خود گرفت، سازمان که در تبلیغات دروغین خود را در صف دفاع از کشور در جنگ تحمیلی به هواداران معرفی میکرد در اولین اقدام بعد از فرار با تحلیل ساختگی و سراسر حیله مبنی بر اینکه عراق نیروهای خود را از خاک ایران بیرون کشیده و به پشت مرزهای رسمی عقب نشسته است لذا مجاهدین و شورای ملی مقاومت اقدام به صلح با عراق خواهد کرد.
در 19 شهریور 1361 مسعود رجوی در محل اقامت خود در اورسوراواز پاریس، اولین سند نوکری و جاسوسی خود را با عنوان موافقتنامه صلح با عراق امضاء کرد. در ادامه روند استحاله و سیاستهای خیانت بار رجوی پس از فرار که در پشت آن تضمین زنده ماندن مسعود مستتر بود در روز 19 اسفند 1363 دفتر سیاسی و کمیته مرکزی سازمان مجاهدین خلق طی اطلاعیه ای تشکیل رهبری نوین سازمان مجاهدین، مسعود و مریم، و انقلاب نوین مردم ایران را اعلام و معرفی نمود.این اقدام بعد از ضربه اپورتونیست ها در سال 1354 دومین ضربه کاری بر پیکر سازمان تلقی میشود و گواه این مدعاست که مخالف مسعود با آن ضربه دروغی بیشتر نبوده است، سازمان این تحول را سرآغاز یک تحول کیفی در اندیشه و مناسبات درونی مجاهدین و ورود زنان مجاهد به سطح رهبری دانسته و بدینوسیله جان کثیف مسعود را از انشعاب های احتمالی اعضاء کادر مرکزی ظاهرا نجات داد.
سومین خیانت سازمان بعد از آن فرار تاریخی انتقال به اصطلاح رهبری مقاومت ایران از فرانسه به جوار مرزهای ایران در عراق است، این اقدام که به هیچ وجه از خاطر مردم ایران پاک نخواهد شد در 17 خرداد 1365 با عنوان فریبنده پروازی برای صلح و آزادی نام گرفت اما بهترین مسما برای آن” پروازی برای پایان” است. چرا که در طی این اقامت ننگین اضمحلال کامل سازمان تحقق یافت و پرواز رجوی از تهران که از طرف سازمان پر مخاطره و ترسناک ترسیم شده بود تبدیل به پرواز پایان راه مسعود در 17 خرداد 1365 شد، از ان روز تا به امروز نتیجه پرواز انقلاب مسعود جز خیانت و جاسوسی و تلفات جانی و انسانی و رسوایی بین المللی چیز دیگری را برای سازمان در بر نداشته است. اکنون از سرنوشت محتوم مسعود رجوی اطلاع موثقی در دست نیست و بیش از سه دهه از این مسیر پرفراز و نشیب سازمان گذشته و جریانی که میتوانست در صورت گوش کردن به صلاحدیدهای رهبران و بزرگان انقلاب و نظام در خدمت بخشی از مردم ایران باشد، اکنون به فسیل واره هایی آواره در کشورهای بیگانه تبدیل شده و برای ادامه حیات ننگین خود چاره ای جز دریوزگی و جاسوسی بیگانگان را ندارد و کشتی سیاست های پرتعفن مسعود و مریم به تمامی به گل نشسته است.