سرکرده فرقه رجوی که تماما پایه های سازمان مجاهدین را با دروغ و حیله بنا نموده و برای ادامه راه پلید خود نیاز به حمایتهای اقشار مختلف جامعه و بخصوص روحانیت داشت. مسعود رجوی خائن با مکر و حیله عده ای جوان را که مبارزه با رژیم طاغوت و امپریالیسم را در سر داشتند بدور خود جمع نمود و سپس برای تکمیل حلقه خود به سراغ روحانیون مبارز از جمله آیت الله طالقانی رفت و از آن طرف هم برخی روحانیون برای نجات مردم از دست استبداد بفکر سازمانی بودند که بتوانند در حیطه ان به فعالیت خود ادامه دهند.
روحانیون مبارز با دیدن زندگی ساده موسسین سازمان مجاهدین خلق یعنی حنیف نژاد و سعید محسن که اساس سازمان را بر مبارزه با امپریالیسم بنا نهاده بودند به آنها امیدوار شدند و از این رو آیت الله طالقانی و دیگر مبارزان حمایتهای خود از سازمان مجاهدین آن زمان را در فضای مبارزاتی و شناختهای متقابل بنا نهادند ولی این حمایتها با انحراف سازمان مجاهدین و بخصوص با روی کار آمدن مسعود رجوی کم رنگتر شد و چهره ریاکارانه و مارکسیستی فرقه رجوی از پس ان افشاء شد که بخاطر این موضوع آیت الله طالقانی و دیگر روحانیون مبارز نسبت به آنها موضع گرفتند.
تغییر گروه و انشعاب سازمان مجاهدین خلق به گروههای مارکسیستی و تسویه حسابهای داخلی که با قتل و کشتار همراه بود، ضربه شدیدی به سازمان مجاهدین زد که همین امر نیز باعث جدایی برخی از هواداران و بخصوص قشر روحانیت از آن شد.
آیت الله طالقانی در سال 1358 که مسعود رجوی خائن از زندان آزاد شده و به دیدار وی رفته بود گفتند:” از گرایش به چپ و راست بر حذر باشید و بدانید ایدئولوژی و مکتب چپ شده مخرب میشود و ایدئولوژی واقعی آن است که بر اساس تعالیم قران و منطبق با آن باشد.”
سران سازمان مجاهدین که برای ادامه خیانتهای خود نیاز به ایت الله طالقانی و جامعه روحانیت داشتند بر آن شدند تا از حسن نیت وی سوء استفاده نموده و سعی در به انحصار کشیدن ایشان در راستای منافع حزبی و گروهی خود باشند که البته آیت الله طالقانی با درایتی که داشتند این موضوع را فهمیده و حتی در خطبه های نماز عیدسعیدفطر تهران بی محابا فریاد زدند که” من خودم را برای اینها (سازمان مجاهدین خلق) داشتم فدا میکردم. حتی بعضی از تنگ نظرها و اندک بین ها مرا متهم میکردند…
اما با این کارهایی که کردند (ترور و آدمکشی و خیانت) دیگر در میان مردم جایی ندارند. بروند فکر دیگری بکنند. شما فکر می کنید من طرفدار اینها هستم، مطمئنا اگر آنها (سران سازمان) بفهمند که من بر خلافشان حرفی زده ام از من می برند…”
این رابطه پدرانه و سوء استفاده از دلسوزی های آیت الله طالقانی در تاریخ انقلاب اسلامی نیز به عنوان عبرت تاریخی به یادگار مانده است. سران سازمان مجاهدین به خوبی از عمق نفوذ کلام و محبوبیت شخصیت آیت الله طالقانی در میان مردم با توجه به منش و رفتار ایشان آگاه بودند و سعی داشتند که به همین وسیله از ایشان سوءاستفاده کنند. به ایشان پدر طالقانی می گفتند تا برای او و انقلاب چالش ایجاد کنند. اما سران فرقه رجوی مشتشان برای مردم باز شد و همه آنها را شناختند و فهمیدند که خط مرحوم طالقانی با سازمان مجاهدین خلق مسعود رجویسم فرق دارد و جداست به طوری که نتوانستند از نام و یاد ان مرحوم سوء استفاده نمایند.