در فروردین سال 1370 که مصادف بود با تهاجم نیروی های ائتلاف 30 کشور اروپایی به سرکردگی امریکا علیه کشور عراق، با توجه به اینکه رجوی در طول 8 سال جنگ بین ایران و عراق خدمات شایانی در همدستی با قوای عراقی به صدام ارائه کرده بود. حمله ناگهانی متفقین علیه صدام، رجوی را در معرض یک انتخاب حساس بنا به اعترافات وی در نشستهای بعد از آن عملیات قرار داد. همه سیاست مردان آن دوره بخوبی آگاه بودند که پس از تهاجم صدام به کویت با حمله متقابل ائتلاف روبرو شده و بدلیل تحمل ضربات سنگین نظامی از قوای مهاجم، بسیار ضعیف و ناتوان شد. لذا نیروهای کرد عراقی فرصت را غنیمت شمرده و برای باز پس گرفتن خواسته قدیمی که همان خود مختاری بود مبادرت به تحرکات جدی علیه نیروهای دولتی صدام نمودند که کانون این درگیرها شهر مرزی خانقین بود.
رجوی بدلیل سرسپردگی شخصی به دیکتاتور عراق و البته برای حفظ مقرهای جاسوسی، نظامی و حفظ بقای ننگینش درعراق به یک باره مدعی شد که تیپ های رزمی سپاه پاسداران شهر خانقین را به تصرف نظامی خود در آورده و فرمان سریع جابجایی و اعزام توپ، تانک و نیروی پیاده به این شهر را شبانه صادر کرد. با استقرار نیروهای فرقه رجوی شهر خانقین بمدت یک هفته روی خوش ندید و با تهاجمات سنگین توپخانه، کاتیوشا و تانکهای تی 55 بسیاری از نیروهای کرد مخالف رژیم صدام مورد هدف قرار گرفته و جان خود را از دست دادند. بسیاری از خانه های مردم خانقین در این عملیات بطور کامل منهدم و شخص رجوی مسئول آوارگی مردم این شهر مرزی شد. بعدا در نشست های درونی رجوی که سرمست از پیروزی علیه کردها در مقابل صدام شده بود با صراحت اعلام نمود. صدام و ارتش عراق را ما از دست کردها و رژیم ایران نجات دادیم و اگر دخالت نمی کردیم خودمان همراه با ارتش عراق نابود می شدیم. پس از گذشت چند دهه از این واقعیت تلخ، سران فرقه تلاش می کنند بدلیل دخالت در یک جنگ قومی و کردکشی زیاد روی آن بحث و تمرکز نکنند. ولی تاریخ صفحات ننگین عملکرد رجوی و همدستان او را برای اجرای عدالت الهی آشکار خواهد کرد.